Nederlands historicus (Koog a. d. Zaan 9 Nov. 1842 - Leiden 25 Dec. 1904), broederszoon van Frederik Muller (1), studeerde te Leiden in de letteren, was van 1869-1870 leraar aan het gymnasium te Leiden, van 1874-1878 ambtenaar aan het Rijksarchief te ’s-Gravenhage, van 1878-1884 hoogleraar in de geschiedenis te Groningen en werd in 1885 benoemd tot hoogleraar in de algemene geschiedenis te Leiden.
Sinds 1889 redigeerde hij met P. J. Blok de Bijdragen voor Vaderl. Gesch. en Oudheidkunde.Bibl.: Gesch. der regeering in de nader geünieerde provinciën tot aan den komst van Leicester, 1579-1585 (1867); Nederlands eerste betrekkingen met Oostenrijk 1658-1678 (1870); De Staat der Vereenigde Nederlanden in de jaren zijner wording (1872); Wilhelm von Oranien und Georg Friedrich von Waldeck (2 dln, 1873-1880); De Unie van Utrecht (1878); Regesta Hannonensia (1882); Documents concernant les relations entre le duc d’Anjou et les Pays-Bas (met A. Diegerick, 5 dln, 1889-1899); Onze gouden eeuw. De Republiek der Vereenigde Nederlanden in haar bloeitijd geschetst (3 dln, 1896-1898); Gesch. van onzen tijd sedert 1848 (voortgezet door W. H. de Beaufort, Th. Bussemaker en J. S.
Bartstra, 3 dln, 1903); Uit P. L. Muller’s Verspreide Geschriften (uitg. P. J. Blok en S. Muller Fz., 1906).
Lit.: H. T. Colenbrander, P. L. M., in: Levensber. Mij Ned.
Lett. (1905); S. Muller Fz., Levensbericht van P. L. M., in: Jaarb. Kon. Akad. v.
Wet. 1905, en in: Uit P. L. M.’s Verspr. Geschr., 1906.