eigenlijk Jacob Harmensz, Nederlands godgeleerde (Oudewater 10 Oct. 1560 - Leiden 19 Oct. 1609), was een zoon van Harmen Jacobsz, messenmaker te Oudewater. Tot zijn 14de jaar zorgde de hervormd geworden pastoor van Oudewater, Theodorus Aemilius te Utrecht voor zijn opvoeding.
Daarna nam Rudolf Snellius, de mathematicus, eveneens geboren in Oudewater, hem naar Marburg mede (1575).Toen Arminius vernam, dat zijn vaderstad was geplunderd, keerde hij nog in hetzelfde jaar terug; zijn familie bleek vermoord te zijn. Hij werd opgenomen bij Petrus Bertius, predikant te Rotterdam en kwam met diens zoon Petrus Bertius Jr, later regent van het Statencollege, als student te Leiden aan (23 Oct. 1576). Snellius werd alhier lector in 1579, en bracht Arminius in aanraking met de anti-aristotelische filosofie van Petrus Ramus (Pierre de la Ramée), gevallen in de Bartholomeüsnacht. Eind 1581 begaf hij zich buitenslands, op kosten van het Amsterdamse kramersgilde, studeerde 1582 te Genève onder Beza, alwaar hij Uytenbogaert en Hadrianus Junius leerde kennen, doch wegens zijn voorstaan van de ramistische filosofie moest hij vertrekken; te Bazel 1583 verwierf hij de sympathie van Grynaeus. Later reisde hij nog met Junius in Italië, van waar hij 1587 terugkeerde, om in 1588 predikant te Amsterdam te worden. Geruchten van onrechtzinnigheid waren hem voorafgegaan, doch door zijn welsprekendheid en vriendelijke omgang won hij zeer velen voor zich.
Hij huwde 16 Sept. 1590 met Elizabeth, dochter van den groten koopman Laurens Jacobsz Reael, die evenmin aan de precieze kant stond. In 1591 maakte hij deel uit van de commissie der Staten voor de kerkorde, die nimmer is ingevoerd. Men verzocht hem tegen Coornhert te schrijven, de theologie van Beza te verdedigen en in dit alles voldeed hij weinig; ook deden zijn preken over de brief aan de Romeinen kwesties omtrent de praedestinatieleer rijzen; vooral de beroemde predikant-geograaf Petrus Plancius werd zijn tegenstander. In 1597 hield hij een Amica Collatio met Franciscus Junius over de voorbeschikking. Toen Junius en Trelcatius Sr beiden te Leiden in 1602 aan de pest waren overleden, werd Arminius, zeer tegen de zin van Gomarus, tot opvolger van Trelcatius Sr als hoogleraar aangesteld (Sept. 1603) en de eerste dr theol. dezer universiteit, hon. causa. Reeds het volgend jaar brachten stellingen van Arminius, waarin hij het leerstuk der verwerping verzachtte, hem in strijd met Gomarus en aanstonds verbreidde zich de twist door het gehele land onder de, door langdurige tegenstellingen omtrent kerkorde en belijdenis, die men niet tot de competentie der Staten rekende, toch reeds geprikkelde voor- en tegenstanders.
Talrijke debatten tot voor de vergadering van de Hoge Raad, en wel het eerst naar aanleiding van de Arminiaanse Catechismus van Ter Goude, brachten partijen niet tot elkander. Arminius, teringlijder, dodelijk vermoeid van zulk een debat in Aug. 1609 uit Den Haag teruggekeerd, overleed in Oct. d.a.v. Zijn weduwe bleef nog enige jaren wonen in het aan de stad toebehorende voormalige pastoorshuis van het Begijnenhof aan het Pieterskerkhof. Petrus Bertius hield de lijkrede over den man, die zijn naam zou geven aan twisten, die hij had verafschuwd en aan de partij der Arminianen, die hij nimmer had gewild. Zijn werken zijn opgesomd bij L. D. Petit, Bibliographische lijst der werken van de Leidsche hoogleeraren, I, Leiden 1894, 78-88.PROF. DR J. N. BAKHUIZEN VAN DEN BRINK
Lit.: P. Bertii Oratio in obitum J. A. (L. B. 1609). Biographieën door G. Brandt (1724); A.
Stolker (1809); J. H. Maronier, (1905); H. Y. Groenewegen (1909); Biogr. Wb. v.
Prot. Godgel., I; G. P. van Itterson, Fr. Gomarus (’s-Gravenhage 1930).
