in 1635/’36 in de Baai van Nagasaki kunstmatig waaiervormig aangelegd eilandje, door een brug met het aangrenzende stadsgedeelte van Nagasaki verbonden. Aanvankelijk werden hier Portugezen ter bewaking ondergebracht, doch na hun verdrijving uit Japan, werden de Hollanders verplicht hun factorij te Hirado naar dit eilandje, dat een lengte van 120 m en een breedte van 75 m heeft, over te brengen.
Sindsdien fungeerde het als factorij van de Oostindische Compagnie en als stepping-stone bij het verkrijgen van kennis over Japan door Europese geleerden, zoals Thunberg, Kaempfer, Titsingh, von Siebold e.a., terwijl aan de andere kant Japanse geleerden, door bemiddeling van de Hollanders die op Desjima verblijf hadden, trachtten door te dringen in elke tak van intellectuele of sociale Westerse activiteit. De zaken van de handel werden behartigd door een opperhoofd, bijgestaan door verschillende ambtenaren.Tot de meest bekende opperhoofden behoren Hemmy, Wardenaar, Titsingh, Doeff, Meylan, Cock Blomhoff. Tijdens de inlijving van Nederland bij Frankrijk (1811-1813) was Desjima de enige plaats, waar de Nederlandse vlag bleef waaien.
