Duits geneesheer (Pforzheim 21 Oct. 1798 - Baden-Baden 11 Dec. 1886), werd in 1824 hoogleraar in de medicijnen te Freiburg. Baumgärtner heeft zich verdienstelijk gemaakt door zijn onderzoekingen over de ontwikkelingsgeschiedenis der dieren.
Reeds in 1830 zocht hij aan te tonen, dat de eierdooier zich in kogelvormige deeltjes splitst, waaruit zich de verschillende organen van het dier ontwikkelen, en beschreef hij de trapsgewijze verandering van zulke kogeltjes in bloedlichaampjes. Deze ontwikkelingstheorie is de voorloper van de cellentheorie van Schwann geweest. Later heeft Baumgärtner deze laatste ook ter verklaring van het ontstaan der organische natuur gegeven.Bibi.: Dualistisches System der Medizin (2 afd., Stuttgart 18351837); Krankenphysiognomik (Stuttgart 1839, met een atlas met 72 portretten); Schöpfungsgedanken (I856-*59, 2 Bde); Vermächtnisse eines Klinikers (Freiburg 1862); Die Naturreligion (Leipzig 1862; 2de druk, 1868); Natur und Gott (1870); Die Weltzellen 0875); Dramatische Schriften und Studien über das Leben (3 dln, Leipzig 1865-1866).