Omzetting van organische en anorganische verbindingen door planten, dieren en micro-organismen. De rol van de planten is hierbij zeer beperkt (oplossing van bepaalde verbindingen door afscheiding van koolzuur), die van de dieren is aanzienlijk groter (wormen, insecten enz.), doch die van de micro-organismen (bacteriën en schimmels) is verreweg het belangrijkst.
Voor de omzetting van vrijwel alle organische verbindingen komen in de grond micro-organismen voor, die beschikken over de voor deze omzettingen benodigde enzymen. Dit geldt zowel voor suikers, zetmeel, eiwit als ook voor verbindingen als phénol en chitine (z. ook Biologische activiteit).Als gevolg van de biologische processen in de grond vindt een vermindering van de hoeveelheid organische stof plaats (vorming van CO2). Hoewel de stikstof bij de afbraak van organische N-verbindingen uiteindelijk verschijnt als ammoniak en nitraat, vindt ook steeds weer vorming van organische N-verbindingen uit de laatstgenoemde stoffen plaats. Hoe rijker de grond aan C-verbindingen en hoe armer aan N-verbindingen, d.w.z. hoe hoger de C/N-verhouding, hoe groter de neiging tot vastlegging van stikstof in organische vorm.
Hoewel b. p. de vruchtbaarheid van de grond i.h.a. zeer verhogen (vrijkomen van voedingsstoffen, N-binding, nitrificatie enz.), kan onder bepaalde omstandigheden ook het tegendeel waar zijn (vorming van het voor de planten zeer schadelijke zwavelwaterstof door bacteriën in dichtgeslagen gronden, denitrificatie onder anaërobe omstandigheden, waardoor veel nitraatstikstof verloren gaat, oxydatie van het opneembare tweewaardige mangaan in hogere mangaanoxyden, waardoor mangaangebrek ontstaat).