Arminius (Jacobus) of eigenlijk Jacob Hermansz, de stichter van het Kerkgenootschap der Remonstranten, werd in 1560 te Oudewater geboren, waar zijn vader messenmaker was. Zijn uitstekende aanleg trok de opmerkzaamheid van een voormaligen R. Katholieken priester, Theodorus Armilius genaamd.
Deze zorgde, dat hij eene goede school te Utrecht bezocht, en toen vervolgens Rudolf Snellius uit Marburg zijne geboorteplaats Oudewater kwam zien, nam hij bij zijn terugkeer naar Duitschland den veelbelovenden jongeling mede (1575). Weldra kwam dezen het gerucht ter ooren, dat zijne vaderstad geplunderd en hare ingezetenen grootendeels vermoord waren. Hij spoedde zich derwaarts en vond er de smartelijke tijding bevestigd. Toen vervolgens in 1578 Snellius het hoogleeraarsambt aan de pasgestichte hoogeschool te Leiden aanvaardde, spoedde Arminius zich derwaarts, en hij vond zoo vele vrienden en begunstigers, dat het Kramersgild te Amsterdam hem door eene geldelijke ondersteuning in staat stelde om buitenlandsche hoogescholen te bezoeken, — en wel onder voorwaarde , dat hij later een leeraarsambt te Amsterdam zou aannemen.
Arminius begaf zich in de eerste plaats naar Genève, waar hij met Hadrianus Junius, Uytenbogaert en anderen een duurzaam verbond van vriendschap sloot. Daar hij zich niet volkomen hield aan de logica van Aristoteles, haalde hij er zich het ongenoegen van een der hoogleeraren op den hals, en dit liep zoo erg, dat hij Genève verlaten moest. Nu ging hij naar Basel en hield hier met grooten bijval voorlezingen over den Brief aan de Romeinen. Later keerde hij naar Genève terug en begaf zich met Hadrianus Junius naar Padua. Dit gaf aan zijne vijanden en benijders stof tot velerlei aanmerkingen: men beschuldigde hem van Roomschgezinde neigingen , en men beweerde tevens, dat hij zonder verlof van het Kramersgild die reis niet had mogen aanvaarden.
In het jaar 1587 kwam hij eindelijk te Amsterdam en werd in het volgende jaar met de predikantsbetrekking bekleed. De roem zijner prediking verhoogde die zijner geleerdheid. Nu echter nam een moeijelijk tijdperk voor hem een aanvang. Hem werd namelijk door den gemeenteraad van Amsterdam opgedragen, om het geschrift van Coornhert tegen de Calvinistische praedestinatieleer te wederleggen, en — zooals wij reeds in het artikel Arminianen vermeld hebben — bij het lezen van dat geschrift liep hij tot zijn tegenstander over. Toen hij vervolgens zijne gematigde denkbeelden ook bij zijne prediking liet doorblinken, haalde hij zich de dubbele beschuldiging van Socinianismus en Pelagianismus op den hals. Er ontstond een strijd tusschen hem en zijn ambtgenoot Plancius, en de Kerkeraad te Amsterdam maakte daaraan voorloopig een einde door het onderzoek der zaak te verwijzen naar eene algemeene Synode. In weerwil van de pogingen zijner tegenstanders werd Arminius tot hoogleeraar te Leiden benoemd (1603). Zijne uitlegkundige lessen over het Oude Testament genoten er een voorbeeldeloozen bijval, en de Academische Senaat vereerde aan den vriend van Arminius, aan Uytenbogaert, een zilveren beker, omdat hij zijnen vriend tot de hoogleeraarsbetrekking had aanbevolen.
Reeds in het jaar 1604 werd de rust van Arminius verstoord door zijn ambtgenoot Gomarus, een hartstogtolijk verdediger der steile Calvinistische praedestinatieleer. Alle onderlinge besprekingen, in het bijzijn van de bekwaamste godgeleerden en onder het bestuur der Staten des lands gehouden, liepen vruchteloos af. Toch hadden die hevige twisten de gezondheid van den geleerden man geschokt, zoodat hij te Leiden overleed op den 19den October 1609.
