Een Perzisch stadhouder te Milete en de eerste aanlegger van den strijd der Grieken met Daríus Hystaspes, was een zoon van Molpagoras en een schoonzoon en neef van Histiaeus, na wiens verwijdering hij met het hoogste gezag te Milete werd bekleed.
Met Megabyzus stevende hij met eene aanzienlijke Perzische vloot naar Naxos. Daar echter de onderneming schipbreuk leed, werd Aristagoras afvallig van Daríus, uit vrees dat deze hem ter verantwoording zou roepen. Alle Ionische steden schaarden zich nu aan zijne zijde, en hij kreeg van de Atheners en Eretriërs 25 schepen, waarmede hij Sardes verbrandde. Na de nederlaag bij Ephese en den terugtogt der Atheners (499 vóór Chr.) verloor Aristagoras den moed. Met de zijnen scheepte hij zich in naar het land der Edonen, waar hij in 497 vóór Chr. bij de belegering van Enneahodoi (Amphipolis) het leven verloor.
