Kruisingen tussen verwanten leidend tot een verhoogde frequentie van homozygoten in een populatie
Als in een populatie kruisingen meer dan gemiddeld plaatsvinden tussen verwanten (die per definitie op elkaar lijkende genotypes hebben) zal de frequentie van homozygoten hoger zijn dan verwacht op basis van de allelfrequenties. In dezelfde mate is de heterozygositeit lager.
Inteelt is over het algemeen negatief omdat de frequentie van aangeboren recessieve ziektes toeneemt. De schadelijke allelen voor zulke ziektes zijn altijd in lage frequentie aanwezig in een populatie, maar komen normaal niet tot uiting omdat ze vrijwel allemaal in de heterozygoten aanwezig zijn. Bij kruisingen tussen partners die beiden een schadelijk recessief allel dragen is de kans op een kind met de ziekte echter gelijk aan 25%.
De toename van aangeboren afwijkingen, kortom de daling van fitness onder invloed van inteelt noemt men inteeltdepressie. Hoewel het bij de mens een belangrijk verschijnsel is, is inteeltdepressie in de natuur minder opvallend dan gedacht. Bijvoorbeeld, de Europese grijze wolf en het Afrikaanse jachtluipaard hebben een tijdlang heel kleine populaties gehad, onvermijdelijk leidend tot een hoge mate van inteelt, maar van inteeltdepressie is nooit sprake geweest.
Inteelt kan afgemeten worden aan de inteeltcoëfficïent F, die afhangt van de verwantschapsgraad. Bij zelfbevruchting (mogelijk bij hermafroditisme) geldt F = ½, bij broer-zusparing F = ¼, bij kruising tussen halfbroer en halfzus F = ⅛. Als we kijken naar een zeldzaam allel met frequentie q is de verwachte frequentie van homozygoot-recessieven volgens Hardy-Weinberg gelijk aan q$$$^2$$$, maar bij inteelt is de frequentie q$$$^2$$$ + pqF en de frequentie van heterozygoten (normaal 2pq) is 2pq – 2pqF.
