De kerkelijke verandering van de 16de eeuw is ook in Frl. een complex verschijnsel. Er is spanning binnen en buiten de kerk.
De dorpspastoors, meest Friezen, door vrije priesterkeus aangesteld, stonden de Fr. vrijheid voor: geen ‘ongewone’ kerkelijke belastingen, geen kerkelijke maatregelen uit het verre Brussel of Rome, geen steun voor de inquisitie. Maar: het beschavingspeil der priesters was niet hoog, hun levenspraktijk wekte kritiek, de macht der kloosters drukte.
Daarnaast groeit de twijfel aan de r.k. kerkleer.Wat het eerst en sterkst gewerkt heeft, valt niet te zeggen. De eerste H.s.-gezinder: zijn sacramentariërs, ontkennen het miswonder (zie Eemyck H. van, Wybrant Jansz.). Naast hen propageren weldra dopersen (zie Sicke Freerks) de herdoop. Dat het Munsterse avontuur zo’n indruk maakt, terwijl er bijv. van lutheranisme geen sprake is moet samenhangen met de economische positie der massa. Tot kort voor 1580 is er ook geen eigenlijk calvinisme; men is antirooms. Al vóór 1560 zijn er zeer veel non-paschanten.
Oorzaken: de invloed van geestelijken als Gellius Faber, de werking van strenge plakkaten der overheid en inquisitie op de volksaard, studiën aan buitenlandse universiteiten (Wittenberg). Dat dit laatste (1544) verboden werd is veelzeggend. Vele van deze studenten werden vrijheidsstrijders (zie Roorda, K.1. Toch heeft een goedgeleide H. in hoofd en leden hier lang kansen gehad (zie Harderwijck, IJ. van). Toen die uitbleef, kwam ook door de politieke situatie (zie Rennenberg) de omkeer. De geref. kerk kreeg de macht en werd staatskerk (1580).
Op 31.3.1580 brengt een resolutie van Ged. Staten (de grondwet der Fr. geref. kerk) het kloostergoed aan de Staten, evenals ander kerkegoed. Roomsen wijken uit (2 Conscriptio Exulum), anderen verzetten zich lijdelijk. De dopersen hadden in stilte doorgewerkt, maar de geref. minderheid, met deze resolutie in de rug, pakte vestiging der geref. kerk stevig aan.
Zie: Reitsma, H. J. (1876); J. S. Theissen, Centraal gezag (Groningen 1907); L. J. Rogier, Gesch. van het Katholicisme (Amsterdam 1945); Repert., 402, 403.