Variant van een gen die bij een genotypering van individuen in een populatie niet gezien wordt
Bij onderzoek naar de genetische variatie van een populatie worden veelal een groot aantal individuen gegenotypeerd voor één of meer loci. Dat betekent dat men voor elk locus vaststelt welke twee allelen een individu heeft (aannemende dat de leden van de populatie diploïd zijn). Een populaire techniek hiervoor is te kijken naar microsatellieten: DNA-segmenten die vanwege een variabel aantal herhalingen verschillen tussen individuen. Met een polymerasekettingreactie (PCR) wordt het locus geamplificeerd en vervolgens scheidt men de PCR-producten op een elektroforesegel. Een heterozygoot geeft dan twee bandjes en de twee homozygoten ieder één bandje.
Essentieel voor de techniek is dat beide allelen tot expressie komen, dus dat het locus codominant overerft. Maar het komt regelmatig voor dat één van de allelen niet goed op de PCR-primers reageert, bijvoorbeeld vanwege mutaties in de flankerende regio's en daarmee onzichtbaar blijft. Dat betekent dat men zo’n individu voor een homozygoot verslijt terwijl het een heterozygoot is. Als in een veldstudie een groot heterozygoottekort gevonden wordt (vergeleken met Hardy-Weinberg-evenwicht) kan het een indicatie zijn voor nul-allelen.
Met statistische methodes kan voor nul-allelen gecorrigeerd worden, maar de beste aanpak is om met kruisingen elk locus te controleren op correcte Mendeliaanse overerving. Omdat dit een beroep doet op de kweekbaarheid van de organismen wordt het zelden gedaan, want populatie-genetische studies worden juist vaak uitgevoerd met veldpopulaties die niet gekweekt worden.
De term nul-allel wordt ook gebruikt in de moleculaire biologie voor een allel dat vanwege een mutatie niet tot expressie komt.
