Onderdeel van de hypothalamus van de hersenen; bevat een biochemische klok die het dag-nachtritme aanstuurt; tevens betrokken bij de regulatie van seksuele functies
De nucleus suprachiasmaticus (Engels: suprachiasmatic nucleus, SCN) ligt in de hypothalamus boven het chiasma opticum, de kruising van zenuwbanen naar de ogen. De SCN is primair een regelcentrum voor het bioritme. Informatie vanuit speciale fotoreceptoren in de retina bereikt via de tractus retinohypothalamicus de nucleus suprachiasmaticus; daarmee wordt een biochemische klok aangestuurd en bijgesteld, in fase met de dag-nachtcyclus. Vervolgens geeft de SCN via een aantal andere kernen een signaal richting de epifyse (pijnappelklier) die ritmisch het hormoon melatonine afgeeft. Melatonine beïnvloedt tal van lichaamsprocessen, die zo afgestemd worden op de dag-nachtcyclus.
In de evolutie van de vertebraten heeft de SCN een steeds sterkere rol gekregen bij de aansturing van het bioritme. Bij vissen en amfibieën is de epifyse zelf lichtgevoelig en bevat ook het klokmechanisme. Bij zoogdieren is de lichtmeting verplaatst naar de ogen (de pijnappelklier is niet meer lichtgevoelig) terwijl de klok in de SCN zit.
Bij dieren met een seizoensafhankelijke voortplanting stuurt de afgifte van melatonine ook de groei van de testis in het broedseizoen, als de dagen lengen. Deze evolutionair oude relatie tussen daglengte en seksuele activiteit verklaart de dubbele functie van de SCN in onze hersenen, hoewel wij geen seizoensafhankelijke voortplanting meer hebben.
In de jaren negentig lieten Michel Hofman en Dick Swaab van het Nederlands Herseninstituut zien dat de SCN bij mannen anders van vorm is dan bij vrouwen en bij homoseksuele mannen aanmerkelijk groter dan bij heteroseksuele mannen. Hun ontdekking dat homoseksuele mannen in hun hersenen verschillen van heteroseksuelen deed indertijd veel stof opwaaien.
