Eén van de drie kiembladen in de vroege embryonale ontwikkeling; het middelste kiemblad dat o.a. de spieren en het skelet vormt
Als onderdeel van de gastrulatie ontstaat tussen ectoderm en endoderm een tussenlaag, het mesoderm. Bij gewervelde dieren differentieert het mesoderm aan de dorsale zijde van het embryo al snel tot segmentaal aangelegde “blokken” spierweefsel, de somieten, die aan weerszijden langs de neurale buis komen te liggen. Bij chordadieren ontstaat vanuit het mesoderm ook de chorda, een stevige lengte-staaf die voor de ontwikkeling van cruciaal belang is omdat ze de vorming van de neurale buis induceert. Uit de dorsale somieten wordt het merendeel van de spieren en het skelet gevormd.
Aan de ventrale zijde groeit het mesoderm rond de darm en tegen de lichaamswand; daarbij komt in het mesoderm een holte, het coeloom (uit te spreken als “seuloom”). Deze zogenoemde secundaire lichaamsholte wordt bekleed door mesodermaal weefsel, het borst- en buikvlies. Bij de mens is het coeloom herkenbaar als buikholte en borstholte. Het ventrale mesoderm vormt ook veel organen, zoals het hart, het bloedvaatstelsel, de nier, de gonade en de accessoire geslachtsklieren.
De manier waarop het mesoderm en dus ook het coeloom gevormd wordt verschilt tussen de twee hoofdlijnen van het dierenrijk, Protostomia en Deuterostomia. Bij Protostomia (het grootste deel van de ongewervelde dieren) ontstaat het mesoderm uit één cel van de morula en bij Deuterostomia, waartoe o.a. de gewervelde dieren behoren, ontstaat het mesoderm uit het endoderm. In klassieke zoölogische leerboeken kreeg dit onderscheid veel aandacht, maar tegenwoordig wordt de vorming van de lichaamsas als doorslaggevend gezien voor het onderscheid tussen Proto- en Deuterostomia en niet de mesodermvorming.
