Eén van de drie kiembladen in de vroege embryonale ontwikkeling; het binnenste kiemblad dat de darm vormt
De blastula, een vroeg meercellig embryonaal stadium, bestaat nog uit één laag cellen, meestal met een centrale holte. Bij de gastrulatie (darmvorming) ontstaat vervolgens het endoderm. Het embryo wordt tweelagig doordat cellen naar binnen migreren. De gastrula bestaat uit endoderm (de darmbekleding) en ectoderm (de buitenkant). De darm is daarmee het eerste orgaan van het embryo.
Na de gastrulatie en de vorming van een anus en een mond is het darmkanaal in principe een gesloten buis die door het dier van voren naar achteren loopt. Echter, eenvoudige dieren zoals neteldieren en platwormen hebben slechts één opening die zowel mond als anus is. Bij sommige parasitaire dieren die al hun voedsel opnemen via de huid is de darm secundair verloren gegaan.
Uit het endoderm ontstaan de inwendige bekledingen van mondholte, slokdarm, maag, twaalfvingerige darm, dunne darm, blinde darm en dikke darm, plus een aantal met de darm geassocieerde organen zoals de alvleesklier, de lever en de galblaas. Ook de blaas en het epitheel van long, luchtpijp en schildklier worden gevormd uit het endoderm. Overigens worden bij de vorming van elk orgaan ook cellen uit de andere kiembladen betrokken. Zo zijn de hepatocyten van de lever afgeleid van het endoderm maar het hepatische mesenchym en de Kupfercellen zijn van het mesoderm.
In de embryonale ontwikkeling van de gewervelde dieren groeit het endoderm om de dooierzak heen die daardoor functioneel in de darm komt te liggen en verteerd kan worden. Bij zoogdieren en de mens wordt het restant van de dooierzak uiteindelijk opgenomen in de navelstreng.
