Eén van de drie kiembladen in de vroege embryonale ontwikkeling; het buitenste kiemblad dat o.a. de huid vormt
Bij de gastrulatie wordt het embryo tweelagig: het bestaat dan uit ectoderm (de buitenkant) en endoderm (de darmbekleding), terwijl daartussen als derde laag het mesoderm komt. Bij modeldieren zoals de klauwpad en de zeeëgel vindt gastrulatie plaats doordat bij de blastula cellen naar binnen migreren (invaginatie) waarbij de darm ontstaat en de buitenkant ectoderm wordt. Bij zoogdieren en de mens ontstaat het ectoderm uit de epiblast, de bovenste laag van de tweelagige embryoschijf, na de vorming van de amnionholte.
De huid is het eerste weefsel dat uit het ectoderm ontstaat. Bij gewervelde dieren wordt de gastrulatie al snel gevolgd door de neurulatie: vorming van het zenuwstelsel. De neurale buis is een inplooiing van het ectoderm en bijgevolg zijn het ruggemerg en de hersenen ectodermale weefsels. De wervels die om de neurale buis heen groeien zijn echter mesodermaal.
Bij de vorming van de neurale buis maken zich aan weerzijden cellen los. Deze zogenoemde neurale lijstcellen migreren door het lichaam en dragen bij aan de vorming van talloze organen zoals de schedel, het hart en de nier. Veel organen hebben, ook al zijn ze hoofdzakelijk afgeleid van één kiemblad, ook cellen van andere kiembladen. In de huid is de opperhuid ectodermaal, maar het onderhuids bindweefsel is afgeleid van het mesoderm.
De retina van het oog wordt gevormd vanuit de hersenen en de lens vanuit de huid; het oog is net als de meeste zintuigen ectodermaal. Ook het neusepitheel, het gehoororgaan en het smaakepitheel van de tong ontstaan uit ectodermale verdikkingen, zogenaamde placodes.
