Afgeleid kenmerk dat maar bij één taxon in de stamboom voorkomt
Autapomorfieën zijn unieke kenmerken van een soort die voor die soort belangrijk kunnen zijn maar geen houvast bieden bij het toekennen van een positie in de stamboom omdat ze verder nergens voorkomen. De mens heeft binnen de homininen veel autapomorfieën in zijn gedrag, zoals taal, werktuigen en cultuur, maar ook in de morfologie, vooral van de schedel (kin, hoog voorhoofd, rond achterhoofd). Ook neanderthalers hebben autapomorfieën zoals het naar achteren verlengde en puntige achterhoofd.
Autapomorfieën van de mens geven mogelijk antwoord op de vraag wat de mens tot mens maakt. In de moleculaire fylogenie probeert men een uitputtend overzicht te krijgen van genetische verschillen die ons onderscheiden van de mensapen. Men noemt deze genetische kenmerken “human lineage specific” (HLS). Men let op genen die bij de mensapen ontbreken (dat zijn er niet veel), genen die specifieke mutaties hebben (zoals FOXP2), genen met domeinexpansies (bijv. DUF1220), gedupliceerde genen (bijv. SRGAP2), genen met veranderde expressie (diverse transcriptiefactoren in de hersenen) en specifieke inserties en deleties.
Het concept autapomorfie ligt ook ten grondslag aan het soortonderscheid in de klassieke, op morfologische kenmerken gebaseerde taxonomie. Men spreekt van het autapomorfisch soortconcept. Om als aparte soort benoemd te worden moet een taxon geografisch gescheiden van andere taxa voorkomen en zoveel mogelijk (minimaal één) autapomorfieën hebben. Bij het maken van een determinatiesleutel voor moeilijk op naam te brengen soorten zoals insecten, zoek je naar zoveel mogelijk autapomorfieën (plaatsing van haren, vorm van klauwtjes, stekels aan de poten, e.d.) die een soort van andere soorten onderscheiden.
