Hoofdstad van de provincie, ontstaan op dekzand dat is afgezet op een uitloper van de Noord-Veluwse stuwwal. In de 8ste en 9de eeuw moeten er bewoningskernen zijn geweest bij de huidige Grote kerk (Middelwijk) en buiten de huidige Sassenpoort (Assendorp).
Uit het in 1040 voor het eerst vermelde Middelwijk ontwikkelde zich een hoofdnederzetting van het markegebied Suolla. Zwolle kreeg in 1230 stadsrechten en kwam tot ontwikkeling langs de Grote Aa (tracé Melkmarkt, Oude Vismarkt, Gasthuisplein).
Een grote stadsbrand in 1324 legde waarschijnlijk vrijwel de gehele stad in de as. Bij het herstel werd ook een stenen ommuring opgetrokken.
Belangrijk voor de structuur van de stad waren de uitvalswegen naar Assendorp (Sassenstraat), Kampen (Voorstraat) en Dieze (Diezerstraat). Parallel aan die straten en de Grote Aa (Melkmarkt) werden in de 14de eeuw in het noorden de Nieuwstraat en in het zuiden de Kamperstraat aangelegd.In de stad werden vanaf het begin van de 14de eeuw verschillende kerken, kloosters en conventen gesticht, zoals het Bethlehemklooster (1309), het convent of fraterhuis van de broeders des Gemenen Levens (1384), het Geertruidsconvent van de zusters des Gemenen Levens (1390) en de O.L. Vrouwekerk (1394). Nabij de stad lagen in de late middeleeuwen nog twee kloosters van de Moderne Devotie, dat op de Agnietenberg (gesloopt) en dat te Windesheim (grotendeels gesloopt).
Het open terrein ten zuiden van de Grote Kerk was in de 15de eeuw op zijn minst gedeeltelijk in gebruik als markt. Aan de oostzijde lag het stadhuis met het Wijnhuis en de Raadhuistoren (1448) en de stadsschool (vernieuwd in 1445). Waarschijnlijk midden 15de eeuw richtte men op een overkluizing van de Grote Aa een nieuwe markt in, de Grote Markt. Dit vormde de aanleiding voor de bouw van een groot noordportaal bij de kerk (circa 1464).
Bij de laatste middeleeuwse stadsuitleg trok men een smalle strook ten noorden van de Kleine Aa bij de stad. Door deze uitleg, waarvan de ommuring tussen 1473 en 1496 werd opgetrokken, kwam het in 1465 buiten de muren gestichte dominicaner- of Broederklooster binnen de stad te liggen. Omstreeks 1500 had de stad enkele waterpoorten en vijf landpoorten, waarvan alleen de Sassenpoort nog goed behouden is. Na het beleg van de stad in 1524 door hertog Karel van Gelre koppelde men de Luttekepoort in 1531 aan een nieuwe zware ronde Kruittoren, ook wel de Gelderse toren geheten. Langs de zuidzijde had de stad een dubbele stadsmuur.
In de stad was er veel handel in agrarische producten. Veeteelt en de handel in vee boden ook werk aan leerbewerkers en schoenmakers. Verder was de linnenweverij belangrijk. In het begin van de 14de eeuw werden er al vijf jaarmarkten gehouden. Zwolle ontwikkelde zich in de middeleeuwen tot een centrum in de doorvoerhandel en onderhield goede contacten met de Duitse Hanze, waarin het vanaf 1407 formeel was opgenomen. De Hessenweg was ook belangrijk voor de handelscontacten met de steden in Noord-Duitsland.
In 1438 wist Zwolle zijn positie als stapelplaats voor de handel over de Vecht veilig te stellen. Door dat stapelrecht had Zwolle tot in de 17de eeuw een belangrijke plaats in de handel in Bentheimer zandsteen. Vanuit de stad bereikte men de Vecht via het Zwarte Water. Bij de uitmonding van de Grote Aa in het Zwarte Water lag sinds 1437 een handelsterrein met stadskraan (nu Rodetorenplein). De brede kaden langs de Grote Aa (Melkmarkt) waren eveneens als haven in gebruik. Een poging in 1480 om de stad door een vaarwater met de IJssel te verbinden mislukte, vooral omdat Kampen tegenwerkte.
Omstreeks 1495 verkortte de route naar de Vecht door het graven van de Nieuwe Vecht. Begin 17de eeuw moderniseerde men de vestingwerken door aarden wallen en zes bastions aan te leggen. Grote delen van de stadsmuur in het zuidelijke deel van de stad werden geslecht; langs het oude tracé verrezen huizen aan de Koestraat. Voor de Sassenpoort legde men een hoornwerk aan, hetgeen nog herkenbaar is in het beloop van de Karnebeekstraat, de Zuiderkerkstraat en de Zeven Alleetjes. In 1606-'19 werd een gebied ten noorden van de oude stad omgracht en voorzien van vijf bastions. Dit Noordereiland was vooral belangrijk voor scheepvaart en nijverheid. De sloop van diverse gebouwen van het Bethlehemklooster deed in 1645 de Botermarkt (nu Nieuwe Markt) ontstaan.
In de tweede helft van de 17de eeuw werd de positie van Zwolle als streekcentrum versterkt, mede doordat Deventer terugviel. In de handel tussen Amsterdam en Duitsland bleef de stad een rol spelen. De nijverheid bloeide in de 18de eeuw dankzij de zout- en zeepziederijen en de verwerking van suiker, tabak en koffie. Langs de Voorstraat, de Kamperstraat en de Koestraat kwamen imposante stadshuizen tot stand.
Na in de Bataafse Republiek en het Koninkrijk Holland eerst als hoofdstad van het Departement van de Oude IJssel te hebben gediend, werd Zwolle bij de bestuurlijke herindeling van 1811 formeel hoofdstad van Overijssel. Dit leidde onder meer tot de bouw van het Paleis van Justitie (1841) aan de Blijmarkt en de Provinciale Griffie (1874) aan de Diezerstraat. De stedelijke elite, waaronder nu ook veel hoge ambtenaren waren, liet ruime behuizingen bouwen. Het vroege opheffen van de vesting in 1790 maakte een geleidelijke transformatie van de vestinggordel mogelijk. De sloop begon in 1810 met de Luttekepoort en de Nieuwe Kruittoren.
Vanaf 1828 pakte men de sloop en herinrichting systematischer aan en men voltooide deze omstreeks 1840. Op de voormalige wallen en bolwerken werden plantsoenen en wandelpaden aangelegd en later ook woningen en herenhuizen (Eekwalbolwerk, Potgieterssingel, Van Nahuysplein, Ter Pelkwijkpark).
In 1819 kwam de Willemsvaart tot stand, de reeds lang gewenste verbinding met de IJssel. Hierdoor ontwikkelden de Eekwal en de Jufferenwal zich als havengebied. Met de bouw van de Nieuwe Havenbrug in 1875 en de Schuttevaerbrug (Dijkstraat) in 1876 werden respectievelijk het westelijke en het noordelijke stadsgedeelte beter ontsloten. Na een hevige cholera-epidemie overkluisde men tussen 1857 en 1861 de Grote en de Kleine Aa. De Melkmarkt kreeg toen zijn huidige vorm; de oude haven aan het begin van het Zwarte Water werd in 1888 gedempt en veranderd in het Rodetorenplein. De belangrijkste ingreep in oude binnenstad was de sloop in 1867 van het Wijnhuis, de Raadhuistoren en de Latijnse school voor de bouw van de Brouwersschool (gesloopt in 1936).
Door het ruimen van het Grote Kerkhof ontstond ten zuiden van de kerk het Grote Kerksplein.
In 1865 kreeg Zwolle spoorverbindingen met Utrecht en Kampen en vervolgens met Meppel (1866), Deventer (1867), Almelo (1880), Apeldoorn (1888; inmiddels opgeheven) en Ommen (1903), waardoor de stad een belangrijk spoorwegknooppunt werd. Daarnaast waren er tramverbindingen naar het Katerveer (1885), Hardenberg (1895), Nunspeet (Zuiderzeetram, 1908) en Blokzijl (1914); deze lijnen werden in de jaren dertig opgeheven. Het in 1868 voltooide spoorwegstation lag op enige afstand van de oude binnenstad. In het gebied tussen station en stadsgracht (de Weezenlanden) verrezen monumentale herenhuizen en villa's met grote tuinen (Burgemeester Van Roijensingel, Stationsweg). De, inmiddels door verbouwingen totaal gewijzigde, Buitensociëteit was belangrijk voor het uitgaansleven.
Zwolle was vanouds een drukkersstad en de grafische industrie kwam hier dan ook tot volle ontwikkeling met de drukkerijen Tijl (1777), Waanders (1836), Tjeenk Willink (1838) en Tulp (1869). Vanaf het midden van de 19de eeuw kwamen daar ijzergieterijen bij, zoals De Nijverheid (1851) van G.J. Wispelwey en Sallandia (1854). Op het Noordereiland en bij het Rodetorenplein vestigden zich verschillende fabrieken. Zeer belangrijk was de komst in 1870 van de Centrale Werkplaats van de Staatsspoor (gesloten in 1938), hetgeen leidde tot een forse uitbreiding van Assendorp. Het toenemend belang van de Zwolse veemarkt leidde in 1880 tot de verhuizing van de Ossenmarkt naar de Harm Smeengekade en vervolgens in 1931 naar de Veemarkt (tegenwoordig de IJsselhallen).
In het eerste kwart van de 20ste eeuw kwamen de wijken Veerallee, Zeeheldenbuurt, Pierik en Wipstrik tot stand. In 1949 maakten W.M. Dudok en A. Kraayenhagen een plan voor uitbreiding van de stad naar het noorden en ten zuiden van de spoorlijn. Uiteindelijk zou een plan van S.J. van Embden uit 1956 de basis vormen voor de wijken Holtenbroek en de Aa-landen (1965). Langs het Zwarte Water kwamen industrieterreinen, ontsloten door het in 1964 voltooide Zwolle-IJsselkanaal.
De hierdoor in belang verminderde Willemsvaart werd kort daarop deels gedempt. Door de bouw van de brug over het Zwarte Water kon een rondweg rond de binnenstad worden voltooid. Ten zuiden van het spoor kwam na de aanwijzing tot groeistad in 1976 Zwolle-Zuid tot ontwikkeling.
Het noordelijke deel van de binnenstad was na de Tweede Wereldoorlog in verval geraakt door het verminderde belang van kleine ambachtelijke bedrijven. In de jaren zestig begon hier een grootscheepse sanering, met name aan de Waterstraat en de Nieuwstraat en in de omgeving van het Broerenklooster. In 1965 viel aan de Nieuwstraat ook de 19de-eeuwse R.K. St.-Michaëlskerk, met zijn markante toren, onder de slopershamer. In combinatie met deze sanering werden aan de Buitenkant, Aan de Stadsmuur en de Pletterstraat grote stukken van de laat-15de-eeuwse stadsmuur in het zicht gebracht en gereconstrueerd. Tussen Broerenkerkplein en Nieuwstraat verrees een modern winkelcentrum, maar de Diezerstraat heeft zich als belangrijkste winkelstraat weten te handhaven. In 1975 voltooide men een groot project van aangepaste nieuwbouw aan Nieuwstraat en Waterstraat.
Voor het gebied ten zuidoosten van het Grote Kerkplein was de uitbreiding van het stadhuis in 1973-'76 belangrijk. Diverse middeleeuwse gebouwen werden hiervoor gesloopt, zoals delen van het fraterhuis van de broeders des Gemenen Levens. Andere gebouwen van dat complex en veel panden in de directe omgeving werden evenwel gerestaureerd.
