Havendorp, ontstaan op de plek waar het Meppelerdiep in het Zwarte Water uitmondt. De nederzetting wordt voor het eerst genoemd in 1398, toen het diep werd afgedamd met een duikersluis.
Ten behoeve van de scheepvaart lieten Staphorst en Rouveen hier in de 15de eeuw een schutsluis bouwen. Deze sluis, later bekend als de Oude Sluis, werd in 1621 overgenomen door de drost van Salland.
Meer naar het westen, waar de Arembergergracht in het Zwarte Water uitkomt, werd in 1620 een sluis gelegd en in 1649 kwam ten oosten van de Oude Sluis de Nieuwe of Staphorster schutsluis in de Hasselter dijk tot stand. Vanwege de strategische ligging van het dorp liet de hertog van Gelre in 1526 aan de noordzijde een blokhuis bouwen; later werd dit tot een vijfhoekige schans uitgebouwd.
In de 17de en de 18de eeuw bestond Zwartsluis uit drie delen, de oude Fortresse de uitbouw van het blokhuis met kerk en school het Buitenkwartier bij de Arembergergracht en de Nieuwe Sluis aan de oostzijde. Tussen 1675 en 1776 verdubbelde de bevolking, waarna stagnatie optrad.
De kolk in het noordwesten van de Fortresse is vermoedelijk in 1775-'76 ontstaan en in 1825 vergroot. In 1868 werd de havendijk aangelegd en in 1878-'79 de Grote Kolksluis ter plekke van de Oude Sluis.Vanouds vormden de kalkovens een belangrijke bron van inkomsten. Ze stonden langs het Meppelerdiep, waarlangs men ook de als brandstof gebruikte turf aanvoerde. De benodigde schelpen kwamen uit de Waddenzee. Omstreeks 1878 stonden er elf kalkovens langs de zomerdijk naar Meppel en zestien aan de overzijde van het diep op het voormalige eiland Kranerweerd. Daar bevonden zich ook zeven zogeheten leshuizen, waar de ongebluste kalk werd geblust. In het midden van de 19de eeuw ontstonden langs het Meppelerdiep vijf scheepswerven, waarvan er nog drie over zijn: de in 1890 gestichte werf van H. en D. de Goede (nu Geertman), Appeloo en Van Goor (nu samengevoegd tot Poppen). Daartussen staat de in 1867 opgerichte fabriek de ‘Koninklijke Fabriek van gebrande suiker Buisman’, maker van een koffiesmaakversterker op grond van bietsuiker.
Zwartsluis was tussen 1914 en 1934 halteplaats voor de stoomtram van Zwolle naar Blokzijl. In de 20ste eeuw voerde men bij Zwartsluis ook de nodige waterwerken uit. In 1958 kwamen de Meppelerdiepsluizen tot stand, waarnaast in 1973 het gemaal Zedemuden werd gebouwd dat een ernaast gelegen ouder gemaal verving. Na de Tweede Wereldoorlog heeft het dorp zich aan de noordzijde uitgebreid en zijn in het centrum enkele saneringen doorgevoerd.
Momenteel is het een belangrijk watersportcentrum.
