Van 1914 tot 1918 in Europa gevoerde strijd tussen enerzijds Oostenrijk-Hongarije, Duitsland en bondgenoten, en anderzijds Rusland, Frankrijk, Groot-Brittannië, Servië en bondgenoten. Nederland bleef in de Eerste Wereldoorlog neutraal.
Koningin Wilhelmina trachtte in deze periode nadrukkelijk als symbool van nationale eenheid te fungeren; een rol die zij tijdens de Tweede Wereldoorlog nog sterker zou vervullen.Directe aanleiding tot de oorlog vormde de moord van 28 juni 1914 op de Oostenrijks-Hongaarse troonopvolger aartshertog Franz Fredinand en zijn vrouw in Sarajevo door een Servische nationalist. De reeds latent aanwezige spanningen tussen de Europese mogendheden liepen daarna snel op. Toen Oostenrijk-Hongarije op 28 juli Servië de oorlog verklaarde, haastte koningin Wilhelmina zich van paleis Het Loo naar Den Haag voor spoedberaad met de ministers. Koningin-moeder Emma en prins Hendrik, die beiden in het buitenland verkeerden, werden naar Nederland teruggeroepen. Op 1 augustus werd het Nederlandse leger gemobiliseerd. Hoewel neutraal, was Nederland niet honderd procent overtuigd van de bedoelingen van het Duitse keizerrijk, dat leek te zinnen op een snelle opmars naar Frankrijk.
De angst leek bewaarheid te worden toen Duitsland op 4 augustus met dat doel de Belgische neutraliteit schond. Stromen vluchtelingen en gewonde militairen kwamen op gang. Een bezoek van prins Hendrik als voorzitter van het Rode Kruis aan Duitse troepen in België leidde tot grote woede van koningin Wilhelmina; het kon immers gemakkelijk verkeerd uitgelegd worden.
De koningin zou zeker in de eerste oorlogsjaren vrijwel constant in Den Haag verblijven in plaats van op Het Loo in Apeldoorn. Nabij Den Haag werd in 1916 in de duinen villa De Ruygenhoek gebouwd, die als buitenverblijf dienst kon doen. Hoewel de koningin weinig vertrouwen had in de gevechtsgereedheid van de krijgsmacht, stelde zij veel in het werk om de nationale eenheid en het moreel van de troepen hoog te houden. Eind 1914 richtte zij voor het eerst een kerstboodschap rechtstreeks tot het Nederlandse volk. Troepeninspecties en andere bezoeken aan leger en vloot vonden veelvuldig plaats. Ook was zij betrokken bij de oprichting van het Koninklijk Nationaal Steuncomité, dat mensen met een gering inkomen moest steunen in de economische moeilijkheden die de oorlog met zich bracht.
Zelf stortte zij 30.000 gulden in de kas. Het vuurwerk ter gelegenheid van haar verjaardag op 31 augustus werd afgelast en het bespaarde geld werd eveneens aan het comité gedoneerd. Wilhelmina zag in de economische crisis tevens de kans om een door haar gewenste versobering van de hofhouding gestalte te geven. Ceremoniële verplichtingen werden tot een minimum beperkt. In haar samenwerking met ministers streefde ze zeker in de eerste jaren naar eensgezindheid en efficiëntie. Gedurende de vier jaren van de oorlog wist de koningin haar positie ten opzichte van de ministers te versterken, zoals zij in de Tweede Wereldoorlog opnieuw zou doen.
Toen in 1918 de verstandhouding met de Duitsers verslechterde, werd gevreesd dat zij de neutraliteit van Nederland niet langer zouden eerbiedigen. Generaal C.J. Snijders, de Nederlandse opperbevelhebber, gaf aan dat Nederlands verzet bij een eventuele Duitse inval doelloos zou zijn. Het bracht hem, en Wilhelmina die hem steunde (niet zozeer vanwege zijn standpunt, als wel vanwege zijn persoon), in ernstig conflict met de minister van Oorlog. Tegen het einde van de oorlog waren het Nederlandse volk en het leger oorlogsmoe. Socialistisch voorman Pieter Jelles Troelstra zag in de maatschappelijke onvrede een kans voor de socialistische revolutie. Zijn revolutiepoging mondde echter niet uit in steun voor het socialistisch ideaal, maar in steunbetuigingen aan de monarchie tijdens een massabijeenkomst op het Malieveld in Den Haag.
Aan de vooravond van het officiële einde van de Eerste Wereldoorlog meldde zich aan de grens bij het Limburgse Eijsden de Duitse keizer Wilhelm II. Hij was vanuit zijn hoofdkwartier in het Belgische Spa gevlucht om in Nederland asiel te vragen. Dat werd hem die 10e november 1918 verleend. Enige dagen later vroeg ook de Duitse kroonprins asiel. Wilhelm II nam op 15 mei 1920 zijn intrek in Huis Doorn. Daar overleed hij in 1941.
Wilhelmina heeft al die tijd nauwelijks contact met de keizer gehad. Zij kon weinig waardering opbrengen voor wat zij zag als het in de steek laten van de troepen en een land in nood om het vege lijf te redden. Ook wist zij niet goed raad met de protocollaire positie van de keizerlijke banneling. Prins Hendrik kreeg pas in 1927 toestemming Wilhelm II in Doorn te bezoeken.
