Als een regering de godsdiensten van alle burgers in gelijke mate wil beschermen, dan mag die staat geen voorkeur hebben voor een van de godsdiensten. Dat is de basis van de scheiding tussen Kerk en Staat: geen enkele godsdienst wordt dan voorgetrokken. De godsdienst bepaalt dan niet de wetgeving t.a.v. abortus, kledingvoorschriften, stamcelonderzoek, echtscheiding, erfrecht, voortplantingstechnieken, etc.
In Nederland is de scheiding van kerk en staat vrijwel totaal gerealiseerd. De subsidie op kerkenbouw is in de zestiger jaren gestopt, net toen islamieten hun eerste moskeeën gingen bouwen. Er zijn nog enkele restanten overgebleven zoals de tekst God zij met ons op de zijkant van onze 2 euro munt en het gemak waarmee christelijke kerken hun kerkklokken op zondagmorgen mogen luiden resp. geluidsoverlast mogen veroorzaken.
In een theocratie bevoordeelt de staat in meer of mindere mate bepaalde godsdienstige groep resp. overtuigingen. In landen als Iran, Saoedi-Arabië en Pakistan is de islam op alle gebieden staatsgodsdienst. In Israël in mindere mate het jodendom. In Spanje, Italië en bijvoorbeeld Ierland zijn nog duidelijk restanten te zien van de vroegere christelijke dominantie in staatszaken.
Turkije behoeft speciale aandacht. Formeel heeft Atatürk in 1923 de scheiding van kerk en staat tot stand gebracht. Daarom mogen in Turkse staatsinstellingen vrouwen geen hoofddoek dragen, ook niet op scholen. Godsdienstsymbolen worden immers geweerd uit staatsinstellingen. Daar staat echter tegenover dat de Turkse staat een belangrijk ministerie van godsdienstzaken (Diyanet; 80.000 medewerkers) heeft dat een monopolie heeft op het opleiden van imams en het geven van godsdienstcursussen. Dit ministerie selecteert de imams die naar het buitenland worden uitgezonden stelt letterlijk de inhoud vast van de vrijdagse preek. Er is blijkbaar op al deze terreinen géén scheiding tussen kerk en staat. De discussie in Turkije over dit onderwerp is zeer sterk gepolitiseerd.
In Marokko claimt de koning dat hij afstamt van de profeet Mohammed wat bijdraagt aan zijn gezag. De koning is bovendien de ‘leider der gelovigen’. De Marokkaanse overheid probeert grip te krijgen op de islam om extreme uitwassen te voorkomen.