Behalve bacteriën en andere organismen komen ook talrijke schimmelsoorten in de bodem voor. Zij spelen een belangrijke rol o.a. bij de afbraak van koolstofhoudende verbindingen, zoals cellulose en lignine (houtstof).
De meeste b. leven uitsluitend als saprophyt, enige zijn ook parasitair en de oorzaak van het optreden van wortelrot, voetziekten, smeul en andere ziekten.