1. (plantk.) Deze term omvat al die gevallen, waarin een van buiten opgenomen stof door een organisme wordt verwerkt tot een bestanddeel van zijn lichaam of althans tot een stof, welke na verdere omzettingen hiervoor kan dienen (Lat.: assimulo = gelijk maken). Het meest bekend is de koolzuur-a. der groene planten; men spreekt evenwel ook van nitraat-a., terwijl begrippen als fosfaaten sulfaat-a. eveneens recht van bestaan hebben.
Daarnaast vindt men een oxydatieve a. van organische stoffen, b.v. van glucose of van bepaalde vetzuren bij uiteenlopende groepen van organismen. Het verschijnsel is hierbij, dat bij toevoeging van een bepaalde hoeveelheid glucose aan een organisme of een suspensie van micro-organismen in de regel slechts een deel van deze toevoeging onder opneming van zuurstof en afgifte van koolzuur wordt verademd, terwijl de rest in synthetische processen wordt betrokken. Met specifieke vergiften, b.v. natriumazide, kan de verhouding van ademhaling en synthetische stofwisseling ten gunste van de volledige verbranding (ademhaling) worden gewijzigd.
Terwijl dus het begrip a. zeer uiteenlopende processen omvat, was het in de 19e eeuw gebruikelijk hieronder uitsluitend de photochemische a. van koolzuur door groene planten te verstaan, waarbij onder invloed van het licht koolzuur en water worden omgevormd tot celbestanddelen en zuurstof. Zoals SACHS het uitdrukt: ‘Met het woord a. duid ik slechts aan die werkzaamheid der plant, die zich door zuurstofafscheiding kenmerkt, waardoor dus uit zuurstofrijke anorganische voedingsstoffen, zuurstofarme, verbrandbare stof gevormd wordt.’
Door het gebruik van tracers is ontdekt, dat ook uiteenlopende heterotrophe organismen naast de voortdurende afscheiding van koolzuur in het ademhalingsproces, koolzuur opnemen en in synthetische reacties betrekken. Ook hier treedt dus a. van koolzuur op, al speelt deze quantitatief een belangrijk geringere rol dan bij de groene planten. Tegenwoordig prefereert men voor de koolzuur-a. der groene planten de term: photosynthese.
2. (dierk.) Opbouw of ombouw van voederbestanddelen tot eigen lichaamssubstantie van het dierlijk organisme. In tegenstelling met de planten kunnen de dieren geen koolstof en stikstof in anorganische vorm assimileren. De voedermiddelen moeten daartoe vetten, koolhydraten en eiwitten bevatten. Ook water, elementaire zuurstof, mineralen en vitamines spelen bij de a. een rol. De a. moet sterk zijn bij snelgroeiende, drachtige, hoogproductieve en hardwerkende dieren.
