Systeem beteekent stelsel. Een biologisch systeem is de rangschikking van de planten en dieren op een zoodanige wijze, dat eenerzijds voldaan wordt aan de eischen van de wetenschap, om een overzicht te geven van de onderlinge verwantschap der planten of dieren, anderzijds voldaan wordt aan de behoeften naar overzichtelijkheid van de vormen. De wetenschap, die zich met het maken van zulk een systeem bezig houdt, noemt men systematiek. Planten- en dierensystemen hebben zich niet op dezelfde wijze ontwikkeld.
De eisch, dat het systeem ook uitdrukking moest geven aan de verwantschap der vormen, is natuurlijk pas laat gesteld, pas in den tijd, toen de afstammingsleer algemeen begon te worden aangenomen; vóór dien tijd was alleen de behoefte aan een overzichtelijke rangschikking de drijfveer. Men bracht het gelijke bij elkaar in grootere groepen samen. Het dierkundige systeem heeft zich daarbij op een andere wijze ontwikkeld als het systeem der planten. Dit komt daardoor, dat de groote groepen der dieren duidelijker een geheel vormen dan de groote groepen der planten. De grondslagen van het dierkundige systeem stonden reeds vanzelf vast; namen als visschen, vogels, zoogdieren, die later als de namen der wetenschappelijke diergroepen werden aangenomen, kwamen ook al in de gewone spreektaal voor. De systematische groepeering der dieren is dus begonnen met de omgrenzing der groote groepen. Daarentegen heeft zich de omgrenzing der groote plantengroepen pas veel later ontwikkeld; de systematiek der planten begon van onderen af en ging langzamerhand steeds grootere groepen omvatten; de systematiek der dieren echter daalde langzamerhand van de groote groepen naar de kleinere af. Zoolang de afstammingsleer nog niet in de wetenschap was doorgedrongen, werden de planten- en diergroepen vaak ingedeeld naar kenmerken, die eigenlijk van ondergeschikte beteekenis waren.
Een mooi voorbeeld daarvan is het bekende plantensysteem yan Linnaeus, dat grootendeels was gebaseerd op het aantal meeldraden in de bloem. Men noemt dit systeem kunstmatig, omdat het slechts een hulpmiddel is en geen rekening houdt met de vele andere punten van overeenkomst en punten van verschil. Ook de gebrekkige kennis van de moeilijker te onderzoeken deelen van planten en dieren, maakte de oudere systemen tot zeer gebrekkige overzichten. Pas de volmaking van het microscoop en de verfijning van de techniek deed kenmerken aan het licht komen, die men tot nu toe had verwaarloosd. Ook de betere kennis van de ontwikkelingsgeschiedenis wierp nieuw licht op de vermoedelijke verwantschap der vormen.
Zoo ontstaan dan na 1860 de z.g. natuurlijke systemen, die de opvattingen omtrent de werkelijke verwantschap der vormen trachten weer te geven. Zij houden niet alleen rekening met alle punten van verschil en overeenkomst der vormen, maar willen die kenmerken ook naar de mate van hun belangrijkheid voor de grootere of kleinere groepen gebruiken. Een werkelijk natuurlijk systeem bestaat niet en kan niet bestaan, omdat de bekende planten- en diersoorten slechts de resten zijn van een veel grootere fauna en flora, waarvan bijna alles onbekend is. Tusschen de meeste groote groepen zijn geen overgangsvormen meer aanwezig en ook als fossielen niet bekend, zoodat elk natuurlijk systeem slechts uit brokstukken bestaat.
