Holte in de blastula, een vroeg stadium in de embryonale ontwikkeling
Het blastocoel (uitgesproken als “blastoseul”) ontstaat doordat de cellen van de morula zich aan de rand rangschikken en in het midden een met vocht gevulde holte vrijlaten. De omringende cellen (blastomeren) worden gezamenlijk ook wel blastoderm genoemd. Het blastocoel is op te vatten als de primaire lichaamsholte. De secundaire lichaamsholte is het coeloom, dat later ontstaat in het mesoderm.
In het blastocoel scheiden de blastomeren steeds meer vocht uit waardoor de blastula uit het glasvlies barst. Bij zoogdieren is de blastocyst daarmee klaar om in te nestelen in de baarmoederwand.
Tijdens de gastrulatie, als cellen van de buitenkant naar binnen vloeien en de darm gevormd wordt, gaat het blastocoel grotendeels verloren. Maar bij een aantal ongewervelde diergroepen (onder andere weekdieren en geleedpotigen, inclusief insecten) blijft het blastocoel bestaan en vormt met het coeloom de lichaamsholte van het dier. Bij deze dieren is er dus geen onderscheid meer tussen primaire en secundaire lichaamsholte. Dit gaat bovendien altijd gepaard met een open bloedsomloop, waarbij het bloed samen met de lymfe vrij door de lichaamsholte beweegt. In dit geval wordt de lichaamsholte haemocoel genoemd, een samensmelting van het coeloom met de resten van het blastocoel.
Bij de mens komt de holte van de blastocyst overeen met het blastocoel. Deze holte verdwijnt geheel als bij de gastrulatie de cellen van het endoderm in het blastocoel een zakachtige structuur vormen, gevuld met dooier (de dooierzak). Deze endodermcellen zijn afkomstig van de hypoblast, de onderste cellaag van de tweelagige embryoschijf (zie het lemma over de gastrula).
