Gomarus (Franciscus) of François Gomaert een vermaard Nederlandsch godgeleerde, geboren te Brugge den 30sten Januarij 1563, trok met zijne ouders, die de Hervorming hadden aangenomen, in 1578 wegens geloofsvervolgingen naar de Pfalz en studeerde te Straatsburg onder de leiding van Joannes Sturmius, een ijverig aanhanger van Calvijn. Na verloop van 3 jaar begaf hij zich naar Neustadt, waar zich de uit Heidelberg verdrevene godgeleerden hadden vereenigd, en stak toen over naar Engeland, waar hij de hoogescholen te Oxford en Cambridge bezocht. In 1587 aanvaardde hij de evangeliebediening bij de Nederduitsche gemeente te Frankfort aan de Main, doch verloor die betrekking, toen in 1593 de vrijheden, aan die gemeente verleend, werden ingetrokken. Een jaar later zag hij zich benoemd tot hoogleeraar aan de hoogeschool te Leiden, en hij aanvaardde dat ambt na alvorens te Heidelberg den doctoralen graad te hebben verworven.
Hoewel hij een ijverig Calvinist was, geraakte hij er over de leer met niemand in twist, vóórdat er in 1603 Armínius tot zijn ambtgenoot beroepen werd. Zijne aanvankelijke bezwaren tegen de beroeping zelve werden door een mondgesprek uit den weg geruimd, doch er ontbrandde een hevige twist, toen Armínius met zijne stellingen over de leer der voorbeschikking optrad, en Gomarus hierop antwoordde. Weldra bleek het, dat de gevoelens der beide professoren met betrekking tot onderscheidene aangelegenheden aanmerkelijk verschilden. Die verdeeldheid strekte zich uit tot de studenten, en de Staten van Holland meenden pogingen te moeten aanwenden om den vrede te herstellen. Eene conferentie, in 1606 tusschen Armínius en Gomarus in het bijzijn van 4 predikanten en van leden van den Hoogen Raad gehouden, leidde niet tot eene gewenschte uitkomst. De kloof werd grooter, daar de onverdraagzaamheid van Gomarus langzamerhand toenam. Naauwelijks had zich Armínius den 30sten October 1608 voorde Staten verdedigd, of Gomarus kreeg verlof, om zijn ambtgenoot van de gevaariijkste dwalingen te beschuldigen. Een openbaar twistgesprek, den 26sten Julij 1609 gehouden, gaf nieuw voedsel aan de oneenigheid, en een mondgesprek van 20 Augustus daaraanvolgende liep desgelijks vruchteloos af.
Armínius overleed, maar de strijd bleef aanhouden, zooals blijkt uit de geschriften van Gomarus, Bertius, Corvinus en Uyttenbogaert. Nog heviger werd de strijd, toen men Coenraad Vorstius tot opvolger van Armínius aanwees. Duidelijk gaf Gomarus zijn ongenoegen over die keuze te kennen. Doch toen Vorstius evenwel overkwam, verliet hij in 1611 de hoogeschool en begaf zich naar Middelburg, waar hij tot in 1614 als predikant en hoogleeraar aan het Collegium Theologiae werkzaam was. In laatstgenoemd jaar gaf hij gehoor hij aan eene beroeping naar de Hervormde universiteit te Saumur, en een jaar daarna werd hij aangesteld tot eersten hoogleeraar in de godgeleerdheid en in de Hebreeuwsche taal te Groningen. Hij aanvaardde zijne betrekking in 1616, en werd in 1618 door de Staten van Groningen en de Ommelanden afgevaardigd naar de Nationale Synode te Dordrecht. Zijne houding aldaar kan men opmaken uit den bijnaam van „hamer der Arminianen”, dien hij eerlang ontving. In gestrengheid, onbescheidenheid en heftigheid deed hij weinig onder voor Bogerman, en bij de bestrijding der Remonstranten enz. verhief hij met kracht zijne stem.
Tot aan zijn dood op den 11den Januarij 1643 bleef hij te Groningen ijverig werkzaam. Hij bezat onbetwistbaar eene groote geleerdheid en uitstekende gaven des geestes, zoodat zijn oordeel door de Staten-Generaal gedurig gevraagd en hij mede met het opzigt over de vertaling van de boeken des Ouden Testaments belast werd. Voorzeker bevond zich hier te lande onder zijne tijdgenooten niemand, die zoo doortrokken was van de leer van Calvijn en deze met zoo groote kracht en juistheid wist uitéén te zetten. Zijn ijver werd echter ontsierd door zijn driftig en oploopend karakter, door zijne onverdraagzaamheid jegens andersdenkenden, en door een onzaligen hoogmoed, welke de oorzaak werd van eene scheuring in de Nederlandsche Hervormde Kerk. Zijne werken zijn uitgegeven onder den titel: „Fransisci Gomari Brugensis Opera theologica omnia, maximum partem posthuma, edita a discipulis Joh. Vereem, A. Sibelius, Mart. Ubbenius (1644, 2de uitgave 1664)”. Afzonderlijk werden uitgegeven: „Het Schildt der waerheydt, die in de Christelycken Kercke der Nederlanden geleerd wordt, enz. (1699)”, — „Waerschouwinghe over de vermaninghe aen R. Donteclock enz. (1609 en later meermalen)”, — „Proeven van M. P. Bertii aenspraeck enz. (1610)”, — „Lyra Davidis (1620)”, — en „Locorum communium theologicorum epitome (1653)”.
