Kruising tussen twee individuen die tot verschillende soorten of tot verschillende rassen gerekend worden
Als twee individuen met verschillend uiterlijk of uit verschillende gebieden toch kruisbaar zijn en vruchtbare nakomelingen geven behoren ze strikt genomen tot dezelfde biologische soort, maar vaak worden ze toch als soorten onderscheiden. Dit is bijvoorbeeld het geval bij Homo sapiens, Homo neanderthalensis en de Denisova-mens. Uit DNA-onderzoek aan fossielen blijkt dat deze drie soorten onderling hybridiseerden; het genoom van moderne Europeanen en Aziaten bevat enkele percentages DNA afkomstig van neanderthalers, terwijl Melanesiërs en Australiërs daarbij nog enkele percentages Denisova-DNA hebben.
Als vuistregel wordt wel gesteld dat bij neutrale evolutie populaties minimaal één miljoen jaar gescheiden moeten zijn om reproductief geïsoleerde soorten te vormen. De splitsing tussen H. sapiens en neanderthalers is jonger (550-750 duizend jaar). Zowel mens, neanderhaler als Denisova-mens hebben één chromosoom minder dan de mensapen; ons chromosoom 2 is een fusiechromosoom. Dit verschil heeft mogelijk de evolutie van de homininen mogelijk gemaakt doordat hybridevorming geblokkeerd werd.
Ondanks de kruisbaarheid zijn hybriden vaak verminderd vruchtbaar of hebben ze andere nadelen. Dit is ook het geval bij mensen en neanderthalers. De verminderde mannelijke vruchtbaarheid van de hybriden leidde tot selectie tegen neanderthaler-allelen op het X-chromosoom, die vervolgens verdwenen zijn. Ook enkele andere biomedisch relevante kenmerken worden toegeschreven aan de neanderthaler-erfenis.
Het is echter ook mogelijk dat hybriden juist een hogere fitness hebben, doordat een groot aantal genen heterozygoot wordt na een kruising tussen rassen van dezelfde soort. Men noemt dit “hybrid vigor”, een term equivalent met heterozygootvoordeel. Hiervan wordt gebruik gemaakt bij selectie en veredeling van planten en dieren.
