Eén van de twee ketens van nucleotiden in de dubbele DNA-helix, namelijk degene die in de 5’–>3’-richting de codons van een open leesraam bevat
RNA-polymerase, het enzym dat messenger-RNA synthetiseert, leest bij de transcriptie niet de coderende streng maar de andere streng van de dubbele helix, genaamd “template”- of matrijsstreng. De coderende streng heeft dezelfde nucleotidenvolgorde als het mRNA (behoudens het gebruik van uracil in plaats van thymine) en de template-streng heeft de complementaire volgorde.
RNA polymerase leest de template streng in 3’–>5’-richting. Het messenger-RNA wordt dus in de 5’–>3’-richting verlengd. De genetische code loopt in de coderende streng eveneens in de 5’–> 3’ richting. De benamingen 3’ en 5’ slaan op de posities van koolstofatomen in twee opeenvolgende ribose- of desoxyribose-eenheden die door een fosfaatgroep asymmetrisch met elkaar verbonden zijn.
De coderende streng wordt ook de “sense”-streng genoemd en de template-streng de “antisense”-streng. De 5’-richting van de coderende streng heet “stroomopwaarts” en de 3’-richting “stroomafwaarts”. Het 5’-uiteinde van een mRNA is te beschouwen als de “voorkant”, die begint met het startcodon. Bij de translatie is methionine het eerste aminozuur van het eiwit (de N-terminus). Het stopcodon bevindt zich aan de 3’-zijde van de coderende streng en de 3’-zijde van het mRNA. Dit uiteinde komt overeen met de C-terminus van het eiwit.
Om transcriptie mogelijk te maken moet eerst een aantal transcriptiefactoren (regulerende eiwitten) stroomopwaarts binden aan de template-streng in het promoter-gebied. Een deel van deze transcriptiefactoren wordt via een signaaltransductieroute geactiveerd. Daarnaast zijn er basale transcriptiefactoren die standaard aan de promoter gebonden zijn. Als het initiatiecomplex van transcriptiefactoren compleet is kan RNA-polymerase binden, de dubbele helix plaatselijk ontwinden en de template-streng overschrijven naar mRNA.
