Nico M. van Straalen

Em. Professor of Animal Ecology

Gepubliceerd op 16-07-2020

Open leesraam

betekenis & definitie

Sequentie van baseparen in het DNA die afgelezen kan worden en codeert voor een peptide of eiwit

Een open leesraam wordt gedefinieerd door de genetische code, de unieke relatie tussen nucleotide-tripletten en aminozuren. Het leesraam begint altijd met een startcodon (ATG in DNA, AUG in mRNA) dat codeert voor het aminozuur methionine, en eindigt met een stopcodon. Een open leesraam wordt bij de transcriptie door RNA-polymerase afgelezen van de template-streng in de 3'->5'-richting, samen met niet-coderende stukken vóór de start en achter de stop (UTRs). Daarbij wordt een complementair mRNA gesynthetiseerd; het open leesraam van het RNA loopt gelijk op met de coderende streng, in 5'->3'-richting. Bij de translatie wordt het open leesraam van het mRNA vertaald in een aminozuurvolgorde van een eiwit.

Bij veel genen is het open leesraam onderbroken door introns, niet-coderende segmenten die wel afgelezen worden maar bij de vorming van een definitief mRNA via een proces genaamd “splicing” verwijderd worden. De coderende delen heten exons.

Voor het identificeren van open leesramen in een genoom worden speciale bioïnformatische algoritmen gebruikt. Of een gevonden open leesraam een gen vertegenwoordigt is nog niet zo gemakkelijk vast te stellen. Er zijn in elk genoom korte stukjes sequentie aanwezig die toevallig een open leesraam vormen en er zijn talloze niet-functionele pseudogenen die over grote delen van hun sequentie een open leesraam hebben. Korte open leesramen die wel een functie hebben worden smORFs genoemd.

Open leesramen kunnen door mutaties verstoord worden, bijvoorbeeld doordat een coderend triplet muteert naar een stopcodon of doordat vanwege inserties of deleties het leesraam verschuift (je krijgt dan een “frameshift mutation”) en voortijdig eindigt op een stopcodon.

Het Nederlandse woord “open leesraam” is een vertaling van de Engelse term “open reading frame" (“orf”).

Bronvermelding