Op elkaar lijkend vanwege een vergelijkbare functie bij twee of meer verschillende soorten, maar niet vanwege afstamming van eenzelfde voorouder
De gelijkenis tussen analoge organen is toe te schrijven aan convergente evolutie, d.w.z. aanpassing aan soortgelijke omstandigheden. Analogie staat in de evolutiewetenschap tegenover homologie. Ook homologe organen lijken vaak op elkaar, maar in dat geval is de gelijkenis toe te schrijven aan gemeenschappelijke afstamming.
Bekende voorbeelden van analogie zijn:
- De vleugels van insecten en van vogels hebben dezelfde functie maar de overeenkomst in vorm gaat niet terug op de voorouder van insecten en vogels.
- De torpedovorm van haaien, ichthyosaurussen en dolfijnen is drie keer onafhankelijk van elkaar ontstaan.
- De snuit van een miereneter en de snuit van een Echidna zijn beide geoptimaliseerd om insecten te kunnen eten uit kleine holletjes.
- De lensogen van gewervelde dieren en de lensogen van inktvissen lijken sprekend op elkaar maar zijn analoog, omdat de inwendige bouw fundamenteel anders is.
Analoge kenmerken werken storend bij fylogenetische reconstructies omdat optimalisatie van de boomlengte (bijvoorbeeld met maximum parsimonie) zulke overeenkomsten ziet als teken van gemeenschappelijke afstamming.
Het klassieke onderscheid tussen homologie en analogie werkt goed bij morfologische kenmerken, maar op moleculair niveau loopt de zaak door elkaar. Zo wordt bijvoorbeeld het homeodomain-eiwit Distalless ingezet als regulator bij de ontwikkeling van zowel de poten van Arthropoda, als de buisvoetjes van zeeëgels en de ledematen van Vertebrata. Terwijl al deze pootstructuren overduidelijk analoog zijn vanwege de vergelijkbare functie, maar niet homoloog, is het gen Distalless wel homoloog over deze diergroepen. Analogie van structuren sluit homologie van de onderliggende moleculaire machinerie niet uit.
