Reserveer nu mijn nieuwste boek

Alignment betekenis & definitie

Een manier om DNA-, RNA-, of eiwitsequenties die een grote mate van overeenkomst vertonen zodanig onder elkaar te rangschikken dat de verschillen en overeenkomsten per positie in de sequentie duidelijk worden

“Uitlijning” is een mogelijke vertaling voor het Engelse woord alignment, maar meestal wordt het onvertaald gelaten. In een alignment staan homologe DNA-sequenties van meerdere soorten onder elkaar. Bij veronderstelling worden de overeenkomsten veroorzaakt doordat de beschouwde sequenties een gemeenschappelijke voorouder hebben. Naast de overeenkomsten zijn er posities die verschillen tussen de soorten. Deze verschillen bepalen de genetische verwantschap en vormen de basis voor een op te stellen fylogenie.

Behalve substitutieverschillen van één base kunnen in een alignment ook gaten zitten, veroorzaakt doordat bij één of meer soorten een korte sequentie tussengevoegd of juist eruit gevallen is. Men spreekt van inserties en deleties, afgekort tot indels. Het vinden van een goede uitlijning wordt hierdoor bemoeilijkt.

Een alignment kan één gen of meerdere genen omvatten. Er zijn twee mogelijkheden voor de analyse: of je zet de sequenties van meerdere genen achter elkaar (men spreekt dan van een geconcateneerde sequentie) en maakt het alignment alsof het één sequentie was, of je maakt meerdere alignments en houdt daar in de fylogenetische analyse rekening mee (men spreekt dan van meervoudige sequentie-uitlijning, MSA).

Het maken van een alignment is niet met de hand te doen. In de bioïnformatica heeft men een groot aantal computer-algoritmes ontwikkeld om het zoeken zo efficiënt mogelijk uit te voeren. Een van de meest populaire technieken is BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), een zoekalgoritme gepubliceerd in 1990, dat vooral gebruikt wordt om een bekende sequentie te “blasten” tegen een grote database en zo de reeds bekende overeenkomstige sequenties op te sporen.

Laatst bijgewerkt 09-12-2018