Hoofdstad van de provincie, ontstaan op een wat hoger gelegen driesprong van zandige kreekruggen, waarvan het beloop nog te volgen is in het tracé van de Noordweg, de Seisweg en de Segeersweg. Ter verdediging tegen invallen van Noormannen legde men in het laatste kwart van de 9de eeuw op Walcheren drie ronde ringwalburgen aan: Domburg, Souburg en daartussen Middelburg.
De laatste ontstond ten noordoosten van de genoemde driesprong; een ronde burg met een doorsnede van ruim tweehonderd meter en omgeven door een aarden wal. De aan de noordzijde bescherming biedende arm van de Arnekreek deed dienst als eerste haven; de zuidelijke burggracht werd gegraven (Lange Delft).
In de 10de eeuw ontwikkelde zich binnen de burg een grafelijk bestuurscentrum voor Zeeland Bewesten Schelde. Reguliere kanunniken bouwden in 1123 binnen de burg een klooster dat in 1127 overging naar de orde van de norbertijnen (premonstratenzers) als dochterabdij van de St.-Michielsabdij te Antwerpen.
Vanaf de 10de eeuw vormden zich buiten de burg twee woonkernen. Eén in het westen bij de driesprong de huidige Markt - en één in het oosten in de omgeving van het tegenwoordige Damplein.
Als haven- en handelsnederzetting wordt Middelburg voor het eerst vermeld in 1103. Ter plaatse van de huidige Markt stichtte men de Westmonster- of St.-Maartenskerk (gesloopt 1575).
Begin 12de eeuw verrees aan de noordzijde van de burg op het huidige Hofplein een tweede parochiekerk, de Noordmonster- of St.-Pieterskerk (gesloopt 1834).Middelburg kreeg in 1217 stadsrechten, waarin werd verwezen naar een oudere, mogelijk 12de-eeuwse, keur. De stadsrechten werden in 1254 vernieuwd en uitgebreid door graaf Willem II van Holland. De stad kreeg in die tijd een volledige omwalling, waarvan de grachten overeenkomen met de huidige binnengrachten; in het oosten volgde de wal het beloop van de Zuidsingel en de Spuistraat. Tussen 1266 en 1301 dempte men de burggracht en de eerste haven (huidige Damplein). De noordoostwaarts verplaatste haven kwam vooralsnog buiten de omwalling te liggen (Dam), maar vanwege het toenemende belang van de handel werd de haven kort na 1350 alsnog versterkt door de bouw van een waterpoort (Dampoort) ter hoogte van de Schuitvlotstraat. Al in 1312 was de zuidoostelijke stadsgracht naar buiten verlegd, waardoor ook de Vlissingsestraat binnen de omwalling kwam.
Middelburg werd het middelpunt van de Engelse lakenhandel in Zeeland en tevens stapelplaats voor Franse wijnen. In 1432 en opnieuw in 1492 werd een groot deel van de stad door brand verwoest. De toenemende verzanding van de Arnekreek in de 15de eeuw bemoeilijkte de toegang voor zeeschepen en dat vroeg om drastische maatregelen. In 1532-'35 groef men in zuidoostelijke richting een kaarsrecht havenkanaal naar het open water bij het latere Nieuwland. Ter vergroting van de havencapaciteit werd de genoemde oude zuidoostelijke stadsgracht als nieuwe haven ingericht en hier ontstonden rond 1540 de kaaien. De aansluitende westelijke gracht diende als spuikom voor de nieuwe haven.
Het ten noorden van de omwalling gegraven Molenwater deed hetzelfde voor de oude haven. Beide spuikommen dreven een getijdenwatermolen aan. In 1549-'50 tijd kwam een stadsuitbreiding tot stand ter plaatse van de huidige Maisbaai, waar ter bescherming van de nieuwe haven een (verdwenen) vierkant bastion werd aangelegd.
Na een lang beleg werd Middelburg in 1574 ingenomen door de Staatse troepen van Willem van Oranje. De abdijkerk werd tot hoofdkerk van de stad gemaakt, de Westmonsterkerk gesloopt en het abdijcomplex bestemd voor het gewestelijk bestuur. In 1582 kwam de stapel van Engels laken naar Middelburg. Na de val van Antwerpen en de daarop volgende Scheldeblokkade (1585) vestigden zich veel Zuid-Nederlandse kooplieden in de stad. Daarnaast ging Middelburg een eigen actieve handelspolitiek voeren. Na Amsterdam had Middelburg de belangrijkste kamers van de Verenigde Oost-Indische (V.O.C.) en de West-Indische Compagnie (W.I.C.), met daarbij een Wisselbank (1616) en een Bank van Lening (1636).
De W.I.C. in Middelburg bloeide vooral door de kaapvaart en de slavenhandel. De economische opleving van de stad leidde tot stadsuitbreidingen. De eerste kwam in 1578-'91 tot stand aan de noordoostzijde van de oude haven, die daarbij werd vergroot (Buitenhaven). In de ‘Nieuwe Stad’ verrees in de 17de eeuw een nieuwe kerk (Oostkerk). Deze eerste uitbreiding vormde het startpunt van een ringvormige stadsuitbreiding in 1595-'98, waarbij de stad een aarden omwalling met dertien bastions kreeg. Het Molenwater kwam daarbij binnen de omwalling te liggen. Bij de latere Maisbaai werd een grote V.O.C.-werf gevestigd.
Vanaf circa 1660 werd Middelburg door Rotterdam overvleugeld en begon een periode van teruggang. De oprichting van de Middelburgse Commercie Compagnie (M.C.C.) in 1720 kon het tij slechts ten dele keren. In 1735-'37 werd de Zuidsingel aangelegd en kreeg het Molenwater het aanzien van een ‘Zeeuwse Hofvijver’. Pas met de Vierde Engelse Oorlog (1780-'84) zette het verval echt door. Het geld voor de noodzakelijke verbetering van de havens ontbrak en door ontvolking kwamen veel huizen leeg te staan. Na de Franse tijd werd weliswaar een nieuw havenkanaal naar het Veerse Gat gegraven (1815-'17), maar dat bracht geen soelaas.
Een in 1838 in de W.I.C.-pakhuizen gestichte weverij ging in 1869 failliet. Daarnaast verdwenen veel oude gebouwen, zoals de Waag uit 1526 (1823), het Gravensteen (1827), het Accijnshuis (1878) en de Wisselbank (1882). Verder werden de getijdenmolens stilgelegd. Als werkverschaffingsprojecten vormde men de wallen om tot een wandelroute (1841-'49) en werd het Molenwater in fasen gedempt (1817, 1859 en 1864).
De aanleg van de spoorlijn Roosendaal-Vlissingen (1867-'72) was bedoeld om de lokale economie te stimuleren. De Sloedam (1871), die voor de spoorlijn noodzakelijk was, maakte een nieuwe verbinding tussen Ooster- en Westerschelde noodzakelijk. Dit Kanaal door Walcheren (1867-'73) liep van Veere via de Middelburgse Buitenhaven naar Vlissingen. De oude haven werd in 1875-'76 omgevormd tot het later weinig succesvolle Prins Hendrik droogdok (beëindigd 1930). Mede door de vestiging van een rechtbank (1838), een Rijkskweekschool (1876) en een Chr. Kweekschool (1910) werd Middelburg gaandeweg vooral een ambtenarenstad en een verzorgingscentrum voor Walcheren.
Nijverheid kwam er onder andere in de vorm van de Houthandel Alberts (Achter de Houttuinen; 1873), de lampenvoetfabriek Vitrite Works op de oude V.O.C.-werf (Fittinghaven; 1889) en een meelfabriek langs het kanaal (1889). Door de perifere ligging bleef de Middelburgse industrialisatie beperkt; de fabrieksgebouwen zijn later vrijwel geheel verdwenen. Pas na 1900 ontstond er enige bebouwing buiten de oude stadskern, met villa's langs de Seissingel, arbeiderswoningen bij de Veersesingel (‘Nieuw Middelburg’; vanaf circa 1920) en middenstandswoningen nabij de Noordsingel (circa 1930).
Op vrijdag 17 mei 1940 werd de stad door de Duitsers gebombardeerd. Veel monumenten werden verwoest, waaronder het Oost-Indisch Huis, de V.O.C.-pakhuizen en diverse belangrijke woonhuizen. De zwaar beschadigde gebouwencomplexen van het stadhuis en de abdij zouden later worden hersteld. Met J. de Ranitz als initiator, L.S.P. Scheffer en vooral P. Verhagen als ontwerpers begon in 1940 de herbouw van de stad in traditionalistische vormen en met behoud van het Middelburgse karakter.
Uitgangspunt was het volledige herstel van de oude situatie, maar in dat proces werd het stratenpatroon om verkeerstechnische en esthetische redenen danig aangepast. Zo werd de Markt verkleind en de Lange Burg die vroeger de ronde burg precies doormidden sneed kreeg voor een beter zicht op de Nieuwe Kerk een bajonetvorm (Nieuwe Burg en Korte Burg). Ook kwam er ruimte voor een grotere katholieke kerk (Bachtensteene), werd de Lange Delft verbreed en ontstonden de Stadhuisstraat en de pleinenreeks Zusterplein, Walplein en Plein 1940. Voor de ontheemden verrees aan de westzijde op aan de gemeente Koudekerke onttrokken grondgebied de wijk 't Zand naar een plan van P.H.N. Briët uit 1941. De herbouw stokte in 1943.
Bij de inundatie van Walcheren in 1944-'45 verdween het Middelburgse buitengebied tot aan de bolwerken onder water. In 1945 werd de wederopbouw opnieuw krachtig ter hand genomen. Buiten de bolwerken verrezen de wijken 't Zand II (1947) en De Griffioen (1948). De herstelwerkzaamheden in de binnenstad konden in 1970 worden afgesloten met een replica van de verwoeste St.-Jorisdoelen. Verdere stedenbouwkundige ingrepen betroffen de verbreding van de Segeersstraat, de sloop van het Geeregebied en de aanleg van het Damplein door afbraak van een huizenblok. Ook voor de Schroebrug over het kanaal (1970) en de aansluitende tangent aan de westrand (Looierssingel; 1972-'78) verdwenen nog enkele panden.
Gaandeweg kwam het overgebleven monumentale huizenbezit echter sterker op de voorgrond te staan en er volgden diverse restauratiecampagnes, te weten: Kuiperspoort (1973), Spanjaardstraat (1974) en Bellinkstraat (1975). Sinds 1984 is de binnenstad van Middelburg een beschermd stadsgezicht.
Met de annexatie van Nieuw- en St. Joosland en St. Laurens in 1966 konden aan de noord- en westzijde van Middelburg de wijken Klarenbeek, Griffioen (II), Breewijk en Stromenwijk worden gerealiseerd en aan de zuidoostzijde van het kanaal de uitbreidingen Dauwendaele, Magistraatwijk, Erasmuswijk en Reyershove. In de zone tussen de nieuwe haven en het kanaal heeft schaalvergroting plaatsgevonden met de vervanging van de Vitritefabriek door een woonwijk (1988-'92), de vervanging van het Huis van Bewaring (1874) door de nieuwe rechtbank (1995; H.J. Henket) en de bouw van de Zeeuwse Bibliotheek (1982-'85; P.C. Dekker).
Hetzelfde gaat gebeuren met de kanaalzone, waar op basis van een stedenbouwkundig plan van R. Bakker in 2004 kantoren zullen verrijzen: stadskantoor (T. Rau); waterschap (T. Tuinhof) en rijkswaterstaat (C.P. de Ruiter).
