Stad, ontstaan in de 12de eeuw op een kreekrug aan de monding van een kreek, die een landinwaarts gelegen nederzetting (Oud-Vlissingen) bij een reeds in 1235 genoemde kerk met de Schelde verbond. Ten oosten van deze kreek ontwikkelde zich bij een aldaar nieuw gestichte kerk de nederzetting Nieuw-Vlissingen.
In 1294 kwam dat dorp in bezit van graaf Floris V en vervolgens liet graaf Willem III tussen 1304 en 1308 een langgerekte haven graven die de nederzetting in tweeën deelde. De bijbehorende spuikom met getijdenmolen (Spuistraat) diende voor het ‘doorspoelen’ van de haven.
Vlissingen kreeg in 1315 (beperkte) stadsrechten en in 1477 hoge jurisdictie.Tot het begin van de 15de eeuw ontwikkelde de stad zich als handels- en visserplaats aan weerszijden van de haven. In 1443 vond een uitleg aan de zuidoostzijde plaats met de aanleg van de Engelse Haven (de huidige Vissershaven). De eerste omwalling, die in 1489 tot stand kwam in opdracht van hertog Philips de Schone, is nog herkenbaar in het beloop van de Walstraat. Maximiliaan van Bourgondië had een belangrijk aandeel in de uitbreiding van de stad rond het midden van de 16de eeuw. In 1548 verrees aan de westzijde van de haveningang een groot stenen bolwerk. Het gebied van een onvoltooid gebleven dwangburcht, die door de Spanjaarden ten oosten van de stad was aangelegd, werd na 1572 toen de stad de zijde koos van prins Willem van Oranje gebruikt voor een planmatige uitleg van de stad met een rechthoekig stratenstelsel (Palingstraat e.o.).
Tussen deze stadsuitbreiding en de oude stadsomwalling werd de Nieuwe Haven of Pottekaai gegraven (tussen Wilhelmina- en Hendrikstraat; gedempt 1909). Ook het gebied ten zuiden van de Vissershaven werd bij de stad getrokken en daar verrees in 1581 het Prinsenhof (afgebrand 1749). Begin 17de eeuw werd in opdracht van prins Maurits een grote nieuwe vestinggordel met acht bastions rond de stad gelegd. De nieuw gegraven Dokhaven of Oosterhaven viel binnen deze omwalling. Hier ontstonden stadstimmerwerven en touwslagerijen. Vlissingen was van 1609 tot 1816 een belangrijke marinebasis.
Het door de vesting omsloten stedelijk gebied bood tot het midden van de 19de eeuw aan de bewoners van Vlissingen voldoende ruimte. Het westelijke stadsgedeelte achter de huidige Boulevard De Ruyter liep veel schade op door beschietingen van de Engelsen in 1809. Daarbij ging het van 1594 daterende maniëristische stadhuis verloren. Tijdens de Franse annexatie nam men in 1810-'12 de herbouw van de stad ter hand en werden de ontstane gaten in de bebouwing opgevuld met militaire bebouwing. Rond de stad kwam een nieuwe vestinggordel tot stand en de bestaande zeemuren kregen kazematten.
Na de opheffing van de vestingstatus van Vlissingen in 1867 brak een nieuwe periode van groei en bedrijvigheid aan, vooral aan de oostzijde van de stad. Van belang hierbij waren de aanleg van het Kanaal door Walcheren (1867-'73) en de spoorlijn Roosendaal-Vlissingen (1873). Aan de Dokhaven ten noorden van de binnenstad vestigden zich in 1875 de Stoomvaartmaatschappij Zeeland en de scheepswerf De Schelde op het terrein van de voormalige marinewerf (1816-'67). In dezelfde tijd kwamen aan de oostzijde van de stad twee binnenhavens tot stand en in 1926-'31 een buitenhaven. De bestaande havencapaciteit werd in 1932 nog uitgebreid met de Petroleumhaven.
Aan de westzijde ontwikkelde Vlissingen zich tot badplaats. Behalve een tramverbinding met Middelburg en met Domburg kreeg de stad een brede weg naar de duinen (Badhuisstraat). Op de bestaande zeedijken, waartegen strandvorming had plaatsgevonden, werden boulevards aangelegd (Boulevard De Ruyter, Boulevard Bankert en Boulevard Evertsen). Ter hoogte van het badstrand verrezen op de duinen het Badhotel (1878) en het Grand Hotel des Bains (1886; in brand geschoten 1944). Tot 1939 vormden de drie boulevards nog geen doorlopend geheel. De in 1936 voltooide wandelpier werd in 1943 afgebroken.
Voor de groeiende bevolking werden nieuwe woningen gebouwd, onder andere ter plaatse van de voormalige Prinsentuin bij de Willem III-kazerne en op de rond 1890 geslechte vestingwallen. Na de Watersnood van 1906 dempte men in 1909 drie havens; de Koopmanshaven veranderde in het Bellamypark en ter plaatse van de Achterhaven en de Nieuwe Haven ontstond bebouwing. Achter de Boulevard Evertsen kwam in 1906 een villapark tot stand met een bochtig stratenpatroon en veel groen. Vlissingen werd in 1942 onderdeel van de Atlantikwall, met inmiddels verdwenen batterijen aan de zeezijde en aan de landzijde het nog grotendeels intact zijnde Landfront Vlissingen. In 1944 werd Vlissingen zwaar gebombardeerd. In de getroffen delen van de binnenstad vond wederopbouw plaats met een nieuwe stedenbouwkundige structuur, volgens een plan uit 1949.
Vanaf de jaren zestig zijn aan de noordzijde diverse woonwijken ontstaan en zijn bestaande woonwijken gesaneerd. In 1986 viel het belangrijke Van Dishoekhuis (1733), dat van 1818 tot 1965 als stadhuis diende, onder de slopershamer. Met de opening in 1964 van de op enige afstand gelegen haven Vlissingen-Oost ook Sloehaven genoemd verplaatste de havenactiviteit zich verder naar het oosten. De Vissershaven is sinds 1989 als jachthaven in gebruik en langs de Boulevard Bankert heeft men een boulevardbebouwing gerealiseerd met forse appartemententorens. Een deel van de binnenstad van Vlissingen is beschermd stadsgezicht.
