Vooropgesteld wordt dat met de inwerkingtreding van het Verdrag van Amsterdam de samenwerkingsprocedure bijna geheel is verdwenen. Alleen voor besluiten op basis van de artikelen 99, lid 5, artikel 102, lid 2, artikel 103, lid 2, artikel 106, lid 2, EG, blijft deze procedure gehandhaafd.
In de samenwerkingprocedure (artikel 252 EG) vraagt de Raad, naar aanleiding van een voorstel voor regelgeving door de Commissie, het advies van het Europees Parlement, het Economisch en Sociaal Comité en het Comité van de Regio's. Hebben zij hun advies uitgebracht, dan moet de Raad een zogenaamd ‘gemeenschappelijk standpunt’ goedkeuren. Als geen gemeenschappelijk standpunt bereikt wordt blijft het voorstel opnieuw ‘hangende’. Als wel een gemeenschappelijk standpunt wordt bereikt, dan wordt dit voorgelegd aan het Europees Parlement, dat drie maanden de tijd heeft om het te aanvaarden, te verwerpen of voorstellen tot wijziging te formuleren bij tweede lezing.
In deze fase mag de Commissie het voorstel desgewenst wijzigen. Het voorstel gaat dan wederom naar de Raad, die drie maanden de tijd heeft voor het nemen van een definitieve beslissing. Wordt geen beslissing genomen dan vervalt het voorstel.
Of de Raad een voorstel kan goedkeuren met een gekwalificeerde meerderheid, dan wel een beslissing met unanimiteit van stemmen moet nemen is in de eerste plaats afhankelijk van het artikel van het Verdrag waarop de voorgestelde regelgeving gebaseerd is. Toch zijn er sommige gevallen waarin de Raad unanimiteit van stemmen moet bereiken: om op eigen initiatief wijzigingen in te dienen op een voorstel, om wijzigingen goed te keuren die door het Europees Parlement zijn voorgesteld, maar niet door de Commissie zijn overgenomen, en om in de samenwerkingsprocedure een maatregel goed te keuren, wanneer het Europees Parlement het gemeenschappelijk standpunt van de Raad heeft verworpen.
