Door de minister-president, na overleg in de ministerraad, uitgevaardigde bepalingen omtrent het vlaggen vanaf overheidsgebouwen. De huidige algemene vlaginstructie dateert van 1980 en is sindsdien enige malen gewijzigd.
In aanvulling op deze algemene instructie kan de ministerraad besluiten een vlaginstructie uit te vaardigen ter gelegenheid van een bijzondere gebeurtenis. Dat gebeurde bijvoorbeeld naar aanleiding van de zeebeving in Azië op tweede kerstdag 2004 (halfstok vlaggen vond plaats op 5 januari 2005).In de vlaginstructie wordt onderscheid gemaakt tussen beperkt vlaggen en uitgebreid vlaggen. Bij beperkt vlaggen wordt alleen vanaf de hoofdvestigingen van instellingen gevlagd. Bij uitgebreid vlaggen wordt vanaf iedere locatie gevlagd. De vlaginstructie geldt ook voor lokale overheden. Voor particulieren en private instellingen bestaat geen instructie, maar desgevraagd wordt hun geadviseerd de vlaginstructie voor de overheid te volgen. Met uitzondering van 4 en 5 mei vlagt de overheid niet op zondag en algemeen erkende feestdagen.
Wanneer een dag waarop gevlagd zou moeten worden op een zondag valt, wordt in plaats daarvan op maandag gevlagd; in geval van een feestdag op de eerst mogelijke dag daarna. Uitzondering op het naar maandag verschuiven is Koninginnedag; deze wordt verschoven van zondag naar zaterdag.
Op Koninginnedag en op de verjaardagen van de leden van het Koninklijk Huis voor wie gevlagd wordt, wordt de vlag met oranje wimpel gevoerd. Bij alle andere gelegenheden wordt de vlag zonder oranje wimpel gevoerd. Ook tijdens officiële bezoeken van vreemde staatshoofden kan gevlagd worden, maar dan alleen in de plaatsen die worden bezocht. Halfstok wordt er gevlagd op 4 mei.
Bij een gebeurtenis in het Koninklijk Huis kan een speciale vlaginstructie worden afgekondigd. Zo werd naar aanleiding van het overlijden van prins Claus, prinses Juliana en prins Bernhard bepaald dat van alle overheidsgebouwen halfstok gevlagd werd vanaf de dag van overlijden tot en met de dag van bijzetting in de Nieuwe Kerk in Delft. Daarbij werd door de ministerpresident een luidinstructie afgekondigd, die inhield dat behoudens plaatselijke traditie klokluiden alleen was toegestaan op de dag van de uitvaartdienst. Het halfstok hijsen gebeurt overigens altijd zonder wimpel. Ter gelegenheid van de aanstaande geboorte van het eerste kind van de Prins van Oranje en prinses Máxima besloot de ministerraad tot een vlag-, luid- en website-instructie: ‘deze heuglijke gebeurtenis wordt gevierd met het voeren van de Nederlandse vlag met oranje wimpel, het luiden van klokken en aandacht voor de geboorte van het kind op websites van de rijksoverheid en van de diensten, instellingen en andere publiekrechtelijke instellingen die onder de overheid ressorteren’. Het vlaggen met oranje wimpel vond plaats op de dag na de geboorte, omdat deze op een zondag viel.
De eerste vlaginstructie werd na het huwelijk van prinses Irene in 1964 vastgesteld. De verjaardagen van koningin Juliana, prins Bernhard en hun vier dochters Vlaginstructie Datum Aanleiding Beperkt of uitgebreid
31 januari Verjaardag van H.M. de Koningin beperkt
27 april Verjaardag van de Prins van Oranje beperkt
30 april Koninginnedag uitgebreid
4 mei Nationale dodenherdenking,
met halfstok vlaggen van 18.00 uur tot zonsondergang (ca. 21.10 uur zomertijd) uitgebreid
5 mei Nationale bevrijdingsdag uitgebreid
17 mei Verjaardag van prinses Máxima beperkt
15 augustus Formeel einde Tweede Wereldoorlog uitgebreid
3e dinsdag in september Prinsjesdag (alleen in Den Haag) uitgebreid
7 december Verjaardag van prinses Catharina-Amalia beperkt
! 15 december Koninkrijksdag beperkt
- dus ook prinses Irene werden erin opgenomen, evenals (zonder wimpel) Koninkrijksdag (15 december), 5 mei (bevrijdingsdag), de derde dinsdag in september (Prinsjesdag, alleen in Den Haag), en (halfstok) 4 mei (dodenherdenking).
Toen in 1969 door de geboorte van een aantal prinsjes de koninklijke familie sterk was gegroeid, werd in een nieuwe instructie opgenomen dat bij verjaardagen van leden van de koninklijke familie voortaan onderscheid gemaakt moest worden tussen ‘uitgebreid’ en ‘beperkt’ vlaggen. Beperkt vlaggen werd voorgeschreven op alle verjaardagen van leden van de koninklijke familie behalve die van de belangrijkste leden, waarop uitgebreid wordt gevlagd: koningin Juliana (tevens Koninginnedag), prins Bernhard, prinses Beatrix, prins Claus en prins Willem-Alexander. Ook werd bepaald dat als een datum op een zondag viel, op de volgende dag gevlagd diende te worden. Dit betekende dat het vlaggen op Koninginnedag in dat geval samenviel met de viering van 1 mei.
In 1980 werd het vlagprotocol versoberd: Koninginnedag bleef op 30 april, maar wanneer 30 april op een zondag valt, wordt de viering in het vervolg van zondag naar de zaterdag ervoor verschoven en dus ook het vlaggen. In het vervolg zou er wat betreft het Koninklijk Huis alleen nog gevlagd worden voor koningin Beatrix, prins Claus en prins Willem-Alexander. Het feit dat er op de verjaardag van prins Bernhard van overheidsgebouwen niet meer gevlagd werd, leverde veel protesten op, vooral van de zijde van de veteranen. Sinds haar huwelijk met prins Willem-Alexander in 2002 wordt ook gevlagd op de verjaardag van prinses Máxima. En op 26 november 2004 vaardigde minister-president J.P. Balkenende een vlaginstructie uit voor de verjaardag van prinses Catharina-Amalia.
Aan die instructie kon echter geen gevolg worden gegeven in 2004, in verband met het overlijden van prins Bernhard. In 1999 werd 15 augustus in de vlaginstructie opgenomen (de capitulatie van Japan en het formele einde van de Tweede Wereldoorlog), op aandringen van de Nederlands-Indische gemeenschap.
