Het centrale probleem van de afstammingsleer is de vraag: hoe en waardoor ontstaan bij de levende organismen nieuwe soorten uit de reeds bestaande? Hierover bestaan grote meningsverschillen.
Waarschijnlijk moeten 2 hoofdtypen van de s. worden onderscheiden. Bij het ene type is de ontwikkeling geleidelijk en leidt van de soort via variabiliteit binnen de soort en via ondersoorten (subspecies) tot nieuwe soorten. De 2 belangrijkste vragen hierbij zijn: a. die naar het ontstaan en ophopen van verschillen en b. die naar het behouden blijven ervan, door het optreden van een voortplantingsbarrière tussen oude en nieuwe vormen of tussen nieuwe vormen onderling. Hiernaast staat dan als tweede hoofdtype de s. d.m.v. chromosoomverdubbeling : al of niet na voorafgaande bastaardering) en de daardoor ontstaande polyploidie.