Pekel is zout water dat gebruikt wordt om spijzen voor bederf te vrijwaren. Er is verwantschap met het werkwoord pikken, om het scherpe, prikkelende van de vloeistof.
Een pekelzonde is dus een oude zonde, een misdrijf dat in vroeger tijd is begaan en als het ware in de pekel gelegd. Dit is althans de oude betekenis. Men bezigt het woord tegenwoordig voornamelijk voor: kleine en vergeeflijke zonde. Deze betekenisovergang heeft men op twee manieren willen verklaren: men kan denken aan een zonde die men ‘opzout’ omdat zij het gemoed slechts weinig bezwaart, maar ook aan de mogelijkheid dat pekelzonde en pekel niets met elkaar te maken hebben. Pekelzonde zou dan een verbastering zijn van het Latijnse peccatillum, verkleinwoord van peccatum, dat: zonde betekent. Reeds Van Lennep dacht aan het Italiaanse piccolo: klein en noemde een pekelzonde: een kleine misstap.
