Op het membraan van B-cellen zitten celreceptoren of receptoreiwitten (ongeveer 100.000 per lymfocyt). Deze receptoren kunnen binden aan één specifiek stukje van een lichaamsvreemd molecuul: een antigeen. Als een antigeen bindt aan een receptor, lokt hij een afweerreactie uit bij de lymfocyten. Antigenen kunnen lichaamsvreemde moleculen zijn van bacteriën, virussen, parasieten en schimmels, maar ook lichaamseigen moleculen, bijvoorbeeld van kankercellen.
Een antigeen wordt herkend door de Y-vormige receptoren die aan de oppervlakte van de B-cel zitten. Daardoor wordt de B-cel geactiveerd, die specifieke moleculen produceert, de zogeheten antistoffen of immunoglobulinen (Ig). Het zijn deze antistoffen van de B-cel die een antigeen herkennen en als een sleutel op het antigeen-slot passen. De vorm van de twee-armige uiteinden van de ‘Y’ bepaalt aan welk antigeen de antistof kan binden. Zelfs de kleinste verschillen tussen moleculen kunnen zo worden onderscheiden. De binding tussen antistof en antigeen (het antigeen-antistof complex) maakt het pathogeen waartoe het antigeen behoort onschadelijk. Virussen kunnen, eenmaal gebonden, bijvoorbeeld geen lichaamscellen meer infecteren. De anti- stoffen zorgen er ook voor dat de vreemde antigenen sneller herkend worden door fagocyten zoals macrofagen, die de antigenen vervolgens opruimen.
