[Gr. fylon, stam, genesis, ontstaan], v., de leer van de stamgeschiedenis van een soort. De gegevens voor de reconstructie van de fylogenie van een soort zijn:
1. paleontologische: de fossielen van uitgestorven soorten geven niet alleen aan welke soorten vroeger geleefd hebben, maar uit hun ligging valt dikwijls ook op te maken welke soorten en wanneer elkaar opvolgden;
2. biogeografische: uit de tegenwoordige verspreiding van de planten en dieren over het aardoppervlak kunnen dikwijls conclusies worden getrokken met betrekking tot hun geschiedenis;
3. de ontogenetische: (individuele ontwikkelingsgang van eicel tot volwassen organisme) geeft soms bepaalde aanwijzingen omtrent de fylogenie (zie biogenetische grondwet).
Een soort wordt monofyletisch genoemd wanneer verondersteld kan worden dat zij éénmaal en op één plaats is ontstaan. Een polyfyletische soort wordt verondersteld meermalen en op diverse plaatsen ontstaan te zijn. Wat betreft de mens wordt nog steeds gestreden over de vraag of zijn ontstaan monodan wel polyfyletisch is. Zie evolutie.
