Verzameling organismen die allemaal afstammen van dezelfde voorouder en die alle afstammelingen van die voorouder bevat
Een monofyletische groep bevat taxa; meestal zijn dit soorten, maar het kunnen ook hogere categorieën zijn zoals families. In algemene termen spreekt men ook wel van “operationele taxonomische eenheden” (OTU’s).
Om een monofyletische groep te zijn moeten de taxa met elkaar aan twee criteria voldoen: gezamenlijke afstamming en compleetheid. Als aan het tweede criterium niet voldaan wordt spreekt men van een incomplete clade of een parafyletische groep. Zo is bijvoorbeeld de klasse Reptilia een parafyletische groep omdat vogels afstammen van reptielen en niet inbegrepen zijn in de klasse Reptilia. De klasse Crustacea (kreeftachtigen) is parafyletisch omdat insecten afstammen van kreeftachtigen en toch als aparte klasse benoemd worden.
Volgens een strikt cladistisch standpunt zou je willen dat alle taxa monofyletisch zijn. Dat zou betekenen dat benamingen als Reptilia en Crustacea vermeden moeten worden en vervangen door “Panreptilia” (reptielen inclusief vogels) en “Pancrustacea” (kreeftachtigen inclusief insecten). Maar de termen Reptilia en Crustacea zijn zo ingeburgerd dat men dit niet doet. Bovendien blijkt dat een strikte hantering van het cladististisch standpunt leidt tot een wildgroei van namen voor allerlei onderverdelingen.
Bij een fylogenetische reconstructie worden altijd monofyletische groepen gemaakt, want dit is het principe van de evolutionaire classificatie. Synoniemen zijn holofyletische groep of ook wel monofylum.
Het begrip monofyletische groep refereert impliciet of expliciet altijd aan een voorouder, hoewel dat er vaak niet bij vermeld wordt. Bijvoorbeeld, de mensapen zijn monofyletisch ten opzichte van de voorouder van de Hominoidea, maar parafyletisch ten opzichte van de voorouder van de Catarrhini (apen van de Oude Wereld).
