Het uiteengaan van twee evolutionaire lijnen; moment van soortvorming of splitsing van taxa
Divergenties zijn cruciaal in de fylogenie; door divergenties ontstaan clades en het moment van ontstaan vertegenwoordigt een belangrijke gebeurtenis in de evolutionaire geschiedenis van de lijn. Fylogenie en cladistiek houden zich helemaal bezig met het schatten van divergenties.
De tijd gerekend vanaf het moment van divergentie tot het heden heet de divergentietijd. De schatting daarvan combineert de genetische verschillen tussen twee lijnen met de mutatiefrequentie en wordt geijkt op de fossielen. Als je de erfelijke aanleg (het DNA) van twee soorten vergelijkt zie je talloze delen die vrijwel hetzelfde zijn maar toch ietsje verschillen. De oorzaak is, volgens de evolutietheorie, dat die stukken DNA homoloog zijn, dat wil zeggen dat ze afstammen van een gemeenschappelijke voorouder. De verschillen zijn ontstaan in de periode nadat de soorten uit elkaar gingen. Naarmate de verschillen groter zijn was de divergentie langer geleden. Dit zeer eenvoudige principe vormt de basis voor de schatting van divergentietijden en de moleculaire klok.
De genetische verschillen worden geijkt op fossiele gegevens. Je zoekt bijvoorbeeld een moment in het verleden waarop je voor het eerst fossielen van buideldieren en placentazoogdieren apart van elkaar ziet. Dat moment, uitgedrukt in miljoenen jaren, wordt betrokken op de verschillen in het DNA (tussen buideldieren en placentazoogdieren in dit voorbeeld). Dat geeft een schatting van de substitutiefrequentie per tijdseenheid binnen de zoogdieren en dat getal kan gebruikt worden voor het schatten van divergentietijden van allerlei zoogdiergroepen, vanuit de verschillen in hun DNA.
Coalescentie is te zien als een speciale vorm van divergentie-analyse op populatieniveau.
