Een van de drie hoofddomeinen van het leven, naast Bacteria en Eukaryota
Tussen 1970 en 1980 ontwikkelde de Amerikaanse microbioloog Carl Woese een moleculaire taxonomie voor micro-organismen gebaseerd op het 16S ribosomale RNA-gen. Hij ontdekte daarbij dat er behalve bacteriën nog een tweede groep prokaryoten bestond die net zoveel verschilde van de bacteriën als van de eukaryoten. Hij noemde deze groep Archaebacteria en de al bekende bacteriën Eubacteria. Deze benamingen worden nu niet meer gebruikt; men spreekt van Archaea en Bacteria, samengenomen tot Prokaryota. Prokaryota is echter parafyletisch omdat Archaea meer verwant zijn aan Eukaryota dan aan aan Bacteria.
De cellulaire structuren van Archaea verschillen aanzienlijk van die van Bacteria. Archaea hebben niet de bacteriële celwand van peptidoglycan en hebben een totaal andere celmembraan (geen dubbellaag van fosfolipiden maar een enkele laag van lipiden die etherbindingen bevatten). Ook de biochemische machinerie voor de transcriptie is anders en lijkt meer op die van de eukaryoten.
Verschillende Archaea leven onder extreme omstandigheden, bijvoorbeeld bij hydrothermale uitlaten op de oceaanbodem, maar er zijn ook vele mesofiele Archaea, zoals methaanproduceerders die in elke slootbodem en in de pens van runderen te vinden zijn.
Binnen een groep van extremofiele Archaea, de Asgard-Archaea, die behoren tot het superfylum Crenarchaeota, ligt de fylogenetische oorsprong van de Eukaryota. Deze Asgard-Archaea hebben verschillende moleculaire kenmerken die overeenkomen met Eukaryota. De afsplitsing dateert men op ongeveer 1,8 miljard jaar geleden. Omdat de Eukaryota vanuit de Archaea ontstaan zijn is Archaea als zodanig niet monofyletisch en strikt genomen zou je moeten spreken van twee domeinen van het leven (Archaea inclusief Eukaryota naast Bacteria).
