Onder quarantaine verstaat men alle maatregelen, die door de autoriteiten van een land speciaal aan de zeegrenzen (en bij uitzondering aan de landgrenzen) worden toegepast, om het binnendringen van besmettelijke ziekten tegen te gaan. Reizigers, afkomstig uit besmette landen, worden dan met hun bagage soms in quarantaine-barakken, soms aan boord van de schepen, waarmede zij zijn vervoerd, gedurende een zekere periode, die langer of korter duurt, naar gelang het incubatietijdperk (zie: Incubatie) der ziekte, waarop men het oog heeft, duurt, — in afzondering gehouden, totdat men zekerheid heeft verkregen, dat zij niet besmet zijn.
Deze voorzorg en het. woord quarantaine zijn afkomstig uit Italië, ’waar de regering van Venetië reeds in de 14e eeuw, ter bestrijding van de pest, verdachte schepen 40 dagen (quarante giorni) lang in afzondering hield.Bij het binnenvallen van schepen wordt door de autoriteiten de besmettingsmogelijkheid altijd in het oog gehouden. Zij weten wel op welke schepen zij in ’t bijzonder moeten letten. Een speciaal kenmerk is dan nog, dat de kapitein de quarantainevlag (gele vlag) laat hijsen. Dan neemt men onmiddellijk radicale maatregelen.
