Inquisitie is de benaming voor het opsporen van andersgelovigen. De Romeinse keizer Theodosius I (346-395) riep in 381 het christendom uit tot staatsgodsdienst en verbood nadien alle heidense symbolen en rituelen.
In 385 werden de eerste ketters terechtgesteld waardoor de vervolgde Kerk een vervolgende Kerk werd. ‘Voor de eerste maal brengen christenen andere christenen om het leven vanwege een afwijkende geloofsopvatting,’ schrijft Hans Küng. Onder Theodosius werden ook de eerste inquisitors of onderzoekers aangesteld die personen met afwijkende geloofs overtuigingen moesten opsporen.
Op het Concilie van Reims werd voor het eerst gesproken over een manier om ketters op een systematische manier te vervolgen en terecht te stellen. Paus Lucius iii vaardigde op 4 november 1184 de pauselijke bul Ad Abolendam (Met het doel af te schaffen) uit, die tot doel had elke vorm van ketterij uit te roeien. Dit vormde het begin van de Inquisitie. In 1211 werden de Regels van Pamiers opgesteld die bepaalden dat de Inquisitie de ketters zou aanwijzen en een passende straf opleggen, waarna de wereldlijke macht de opgelegde straf zou uitvoeren. Paus Gregorius ix liet in 1230 een kerkelijk wetboek opstellen met vaste regels inzake de inquisitoriale methode en plaatste de inquisiteurs, eerst de Dominicanen en later ook de Franciscanen, rechtstreeks onder het gezag van de paus.
Op die manier werden talloze mensen vanwege ketterij of hekserij, of gewoon vanwege ongehoorzaamheid, vermoord in naam van God, op verzoek van de kerkelijke Inquisitie, maar in de praktijk door de wereldlijke macht. De eerste slachtoffers op grote schaal waren de katharen, de waldenzen en de joden. De feitelijke oprichting van de in Rome gecentraliseerde Inquisitie gebeurde onder paus Paulus iii die in 1542 de Congregatio Romanae et Universalis Inquisitionis installeerde.
