v., (ook: systematiek), tak van de biologie die zich bezighoudt met de indeling van de organismen.
In de taxonomie worden organismen ingedeeld op grond van hun overeenkomsten en verschillen. Deze indeling levert groepen op die zoveel mogelijk een geheel vormen; een dergelijk systeem geeft een zo volledig mogelijk overzicht van deze groepen. De taxonomie levert de normen om van alle planten en dieren te bepalen tot welke groep (taxon) zij behoren (diagnostiek, identificatie of determinatie) en rangschikt alle soorten zodanig dat hun onderlinge verwantschap tot uitdrukking wordt gebracht.
De klassieke taxonomie houdt zich bezig met het beschrijven, benoemen en indelen op basis van de morfologische kenmerken en maakt ook wel gebruik van biochemische en serologische eigenschappen (immunotaxonomie). De belangrijkste groepen of taxa (enkelvoud: taxon) die in de taxonomie worden gebruikt zijn in hiërarchische volgorde: in de plantensystematiek afdeling (divisio) of in de systematische dierkunde stam (fylum) en verder in de indelingen van zowel plantenals dierenrijkklasse (classis), orde (ordo), familie (familia), geslacht (genus) en soort (species). De criteria voor de indeling zijn dikwijls moeilijk vast te stellen en de omschrijving van vele groepen is dan ook vaak arbitrair. Aanvankelijk was men veelal geneigd in te delen naar gemakkelijk vast te stellen morfologische kenmerken, ook al waren die eigenlijk van ondergeschikte betekenis. Hèt voorbeeld daarvan is het systeem van C.Linnaeus (1707-78), dat bij de bloemplanten grotendeels gebaseerd is op het aantal meeldraden in de bloem. Zon systeem heet kunstmatig, omdat er geen rekening wordt gehouden met de vele andere overeenkomsten en verschillen.
Met betere microscopen kwamen nieuwe kenmerken aan het licht. Ook de zich verdiepende kennis van de ecologie, embryologie, genetica, ethologie, paleontologie, biogeografie, enz. wierp nieuw licht op verwantschapsproblemen. Er ontstonden zgn. natuurlijke systemen, die de werkelijke verwantschappen trachten weer te geven. Zij houden niet alleen rekening met zoveel mogelijk punten van overeenkomst en verschil der vormen, maar willen die kenmerken ook naar de mate van hun belangrijkheid voor de grotere of kleinere groepen gebruiken.
Een betrekkelijk nieuwe richting in de taxonomie, de numerieke taxonomie, tracht een objectieve methode te gebruiken om de veelheid van kenmerken te evalueren, waarbij gebruik wordt gemaakt van statistische technieken. Hier dient men onder verwantschap te verstaan vormverwantschap, analoog met de verwantschap van geometrische figuren als cirkel en ellips. Met de opkomst van de afstammingsleer (evolutietheorie) moest een natuurlijk systeem de stamverwantschap tot uitdrukking brengen, m.a.w. de afstamming der soorten (fylogenie) diende het richtsnoer voor de indeling te zijn. De werkelijke afstammingsverhoudingen zijn echter slechts in weinig gevallen, en dan nog maar met zeer weinig zekerheid, bekend. De tak van de taxonomie die zich hiermee bezighoudt is de experimentele taxonomie (of biosystematiek).
