Stad, ontstaan in een 12de-eeuwse veenontginning aan de monding van de Gouwe in de Hollandse IJssel. In de Gouwe legde men ter hoogte van de huidige Dubbele Buurt een keersluis (Donkere Sluis) aan.
De Gouwemonding ten zuiden hiervan ging als haven dienen (Oosthaven en Westhaven) en hier kwam de eerste bebouwing tot stand.Het oudste stadsgebied werd omsloten door het Raam, de Turfmarkt, de Zeugstraat en de Spieringstraat. Ten zuiden van de Markt en de Janskerk ter plekke van de huidige Molenwerf verrees rond 1200 de ronde kasteelmotte van de heren Van der Goude. In 1272 kreeg Gouda stadsrechten, verplaatste men de zoetwatertol in de Hollandse IJssel van Moordrecht naar de Goudse haveningang en werd de vaarroute over de Gouwe verplicht. Nadat het kasteel in 1304 was verwoest (definitief ontmanteld in 1368) werden de Van der Goudes in 1308 opgevolgd door Jan van Henegouwen, wiens nazaat in 1362 nabij de Hollandse IJssel begon met de bouw van een nieuw kasteel (voltooid 1384). Van dit in 1577 gesloopte kasteel zijn de geconsolideerde restanten zichtbaar in het huidige Houtmansplantsoen. De grafelijke tol, het regionaal stapelrecht en de productie en export van bier brachten de stad in de late middeleeuwen tot grote bloei, ondanks stadsbranden in 1361, 1438 en 1527.
Het rond 1350 ommuurde gebied binnen de huidige singels werd in de loop van de 15de eeuw verder volgebouwd met nieuwe huizen op de achtererven en met kloosters op de terreinen tussen het stadshart en de omringende stadsmuur. Aan het einde van de Turfsingelgracht bouwde men in 1398 voor de bredere oorlogsschepen een schutsluis naar de Hollandse IJssel (vernieuwd 1577 en 1763). Tot 1795 ging de handelsvaart door de stad. Eind 16de eeuw nam de welvaart echter af, onder meer door het wegvallen van de afzetmarkt voor bier. Als gevolg van de Opstand werden de kloosters gesloten en herbestemd of afgebroken. Vanaf 1575 kreeg de stad enkele kleine bastions, maar de mogelijkheid om het hele gebied rond de stad snel te kunnen inunderen, maakte forsere verdedigingswerken overbodig.
In de 17de eeuw volgde een periode van hernieuwde bloei als regionaal centrum met kaasmarkt, pijpenfabricage en dankzij het relatief kalkarme IJsselwater diverse wasserijen en blekerijen. De 18de eeuw was vooral een periode van economische stilstand. De vestingwerken en de stadspoorten werden vanaf 1811 gesloopt. Nieuwe bloei kwam er met de aanleg van spoorwegverbindingen met Utrecht en Rotterdam (1855) en Den Haag (1870). Belangrijk was ook de industriële ontwikkeling vanaf het midden van de 19de eeuw met pijpenfabrieken (Goedewaagen's Koninklijke Pijpen en Aardewerkfabrieken), touwslagerijen, garenspinnerijen (1861) en aardewerkindustrie (Plateelbakkerij Zuid-Holland). Van belang waren verder nog de blekerijen en wasserijen, de zeepziederijen en de kaarsenfabrieken (Goudse stearinekaarsenfabriek (1853), nu Unichemie).
De eerste uitbreidingen buiten de singels vonden plaats aan de zuidwestzijde van de stad in de Broekpolder. Rijkere huizen verrezen kort na 1880 tussen de singel en het station (Crabethpark), deze wijk werd rond 1900 westwaarts uitgebreid (Van Bergen IJzendoornpark). Het eerste uitbreidingsplan van Gouda (1908) voorzag in een coupure van de Gouwe (Nieuwe Gouwe), met ten noorden daarvan het Rode Dorp en de integratie van de bestaande bebouwing in de Broekpolder tot de wijk Korte Akkeren. Op grond van een tweede uitbreidingsplan (1917) verrees rond 1920 aan de oostzijde de wijk Kort Haarlem (Burg. Martenssingel e.o.). Het volgende plan (1931) leidde tot de uitbreiding van de wijk Korte Akkeren tot aan het Gouwekanaal. Na de Tweede Wereldoorlog zijn nieuwe wijken verwezenlijkt aan de noordzijde (Ouwe Gouwe, Groenhovenpark) en de oostzijde (Vreewijk, Oosterwei en recent Goverwelle).
De opheffing van het garnizoen (1922) was de aanleiding voor een binnenstadssanering. Er werden ook grachten gedempt, zoals de Verloren Kost (1930), de Nieuwe Haven (1940) en de Raamgracht (1960). Vooral op grond van het Basisplan (1959) volgden saneringen aan de buitenring binnen de singels. De binnenste stadskern met de belangrijkste grachten heeft echter haar karakter als grachtenstad in belangrijke mate behouden en is een beschermd gezicht.
