Kleine dijkstad aan het Zwarte Water, die in 1275 stadsrechten kreeg van bisschop Jan van Nassau. Tot een werkelijk stedelijke ontwikkeling is het echter nooit gekomen.
In 1347 verkregen de inwoners het visrecht in het gebied dat zich uitstrekte van Waterstein tegenover Zwartsluis tot de Voorst oostelijk onder Vollenhove. In 1460 werden de visrechten uitgebreid met de rest van het Zwarte Water.
Met stenen afkomstig van de in 1531-'35 afgebroken burcht van Kuinre werd in de 16de eeuw een blokhuis gebouwd, dat men echter al in 1584 ontmantelde; de laatste resten zijn in de 18de eeuw verdwenen. In 1625, 1698 en 1741 teisterden grote branden de stad en in 1825 had ze te lijden van de watersnood.
Na nieuwe wateroverlast in 1862 en 1863 legde men in 1866 een keersluis aan, evenals de daarop aansluitende Sasdijk langs het Zwarte Water.Nadat al omstreeks 1700 de visserij was teruggelopen, legde de bevolking zich toe op de vervaardiging van biezenmatten. Tussen 1840 en 1927 werden daarom de kustgronden tussen de monding van de IJssel en het Zwarte Water met biezen beplant. Tussen 1870 en 1882 beleefde de mattenvlechterij haar grootste bloei. In de omgeving werd ook veel hooi geoogst voor verkoop op de markt; voor de opslag bouwde men diverse hooibergen in de stad. Deze werden langs de Achterweg geconcentreerd, nadat in 1868 een brand een groot deel van Genemuiden had verwoest. Het noordelijke deel van de stad werd in 1882 in de as gelegd.
Tussen 1880 en 1940 kwam een uitbreiding van de bebouwing tussen de Binnenhaven en de Sasdijk tot stand, het ‘Nieuw-Genemuiden’ of ‘De Overkaante’. De oude rivierarm De Heve werd in 1914 gedempt en is sinds 1918 bebouwd met woningbouw.
Na 1916 ging men over op de vervaardiging van matten op grond van kokosgarens, een productie die in 1924 werd gemechaniseerd. Na 1945 groeide deze nijverheid tot een bloeiende industrie. In 1948 kwam de uitbreidingswijk de Buitenlanden tot stand en na 1957 een uitbreiding in de Mastenbroeker polder. De Binnenhaven werd in 1959 gedeeltelijk gedempt; hier bouwde men in 1969 een nieuw stadhuis. In die omgeving verrezen ook enkele grote moderne kerken, waaronder in 1953 een nieuwe gereformeerde kerk en in 1959 een kerk voor de gereformeerde gemeente.
