Naast de vanouds gebruikelijke huizen met pakzolders bouwde men vanaf circa 1620 ook pakhuizen die geheel voor de opslag van goederen waren bedoeld. Tot het midden van de 18de eeuw waren dit vooral smalle, diepe panden met lage pakzolders.
De hijstravee in het midden van de voorgevel kreeg per verdieping een grote opening met dubbele luiken geflankeerd door kleinere vensters. In de top bevond zich de hijsbalk of een trijshuis.
Hoewel door de hele stad verspreid, staan de meeste van deze pakhuizen langs de Brouwersgracht en op de westelijke en oostelijke eilanden. Inmiddels zijn ze vrijwel alle tot appartementen verbouwd, waarbij de luiken zijn verwijderd of permanent geopend blijven.Vroege voorbeelden van smalle pakhuizen zijn de rond 1590 gebouwde pakhuizen 't Fortuijn en d'Arke Noach (Herengracht 43-45; gerestaureerd 1975). Het pakhuis Singel 2-2a is een breed pand met houtskelet uit 1606, waarvan de trapgevel met houten onderpui dateert uit 1611. De gevelsteen met kruiwagen verwijst naar H.J. Croywagen, die het pand in 1641 in bezit kreeg. Binnen bevindt zich een afgescheiden comptoir met zwanenhalskorbelen. Trapgevels heeft ook het driebeukige pakhuis Keizersgracht 40-44 (circa 1625).
Met tuitgevels uitgevoerd zijn het dubbele pakhuis Schottenburch (Krom Boomssloot 18-20) uit 1636 (jaartalsteen) en de uit dezelfde tijd daterende pakhuizen 't Potaschvat (Brouwersgracht 184), Koning David, De Groene Valk en De Appel (Brouwersgracht 188-196). Karakteristieke smalle pakhuizen met tuitgevel uit de tweede helft van de 17de eeuw zijn Brouwersgracht 248-250 (1684) en op het Prinseneiland de pakhuizen Mars (Prinseneiland 65), Broek in Waterland (nr. 67), d'Gouden Kip (nr. 69), d'Korenbeurs (nr. 71), Schelvisch (nr 73), De Witte Pellicaen (nrs. 283-285; 1664), Koornschuur en Teerton (nrs. 475-511).
Een tweede groep wordt gevormd door de dubbele pakhuizen met een trapeziumvormige gevel, zoals de Windhond (Prinseneiland 517-545; 1650), Het Pachuys van de Gouwe Wagen (Korte Prinsengracht 14; 1656) en de reeks pakhuizen Het Groote Groene Hert en Het Kleine Groene Hert (Brouwersgracht 204-206 en 210-212). Tussen de laatstgenoemde ligt 't Vijfde Groene Hert (Brouwersgracht 208), een smal pakhuis met tuitgevel uit 1725 met als bekroning een groen koperen hert. Van het 17de-eeuwse, zwart geteerde, driedubbele pakhuis Brouwersgracht 174-178 heeft men in 1894 de met het stadswapen getooide gevel afgeknot.
Het vroeg-18de-eeuwse dubbele pakhuis Spuistraat 74a heeft een trapeziumgevel met gevelsteen en gebeeldhouwde jaartallinten. Het forse pakhuis Kerkstraat 322 (circa 1720), gebouwd voor Andries Pels, toont een gevelsteen uit een ouder pakhuis ter plaatse (1688). Een klokgevel hebben de midden-18de-eeuwse pakhuizen Herengracht 39 (1753) en Baltimore (Herengracht 37), en een laat-18de-eeuwse lijstgevel heeft het pakhuis De Torenwachter (Keizersgracht 24a).
