Stad ontstaan op de rand van de Brabantse zandgronden, nabij de plaats waar de rivieren de Mark en de Aa (of Weerijs) samenkomen. Tot in de 16de eeuw stonden deze nog onder invloed van eb en vloed.
De beide stromen en de vele kreekarmen bepaalden tot in de 19de en 20ste eeuw de topografie van de stad. In het begin van de 11de eeuw woonden er al mensen in dit vrij laaggelegen gebied.Onder bescherming van het in 1190 voor het eerst genoemde kasteel van de heren van Breda, groeide de kleine nederzetting uit tot een handelsnederzetting aan de Mark, die tot hier bevaarbaar was. In 1252 kreeg Breda stedelijke rechten. De komst van het geslacht Van Polanen in 1350 zal de ontwikkeling van de stad hebben bevorderd.
De nieuwe heer verleende de stad voorrechten als tegenprestatie voor het versterken van de stad, hetgeen overigens pas aan het eind van de 14de eeuw of het begin van de 15de eeuw was voltooid. De stadsmuren omvatten tot 1535 het oude hart van de stad, omsloten door de huidige (gedempte) Haven, Markendaalseweg, Karnemelkstraat, Houtmarkt, Oude Vest, Vlaszak, J.F. Kennedylaan en het kasteelterrein. Deze oude, eivormige kern is nog goed herkenbaar in het huidige stratenpatroon.
Vóór de reformatie had de stad twee parochiekerken: de in 1239 voor het eerst vermelde Grote Kerk en de Markendaalse kerk (Prinsenkade). Mannenkloosters waren er niet, omdat de heren van Breda, de Polanens en de Nassaus, de vestiging daarvan hadden verboden. De voornaamste religieuze vestigingen waren het in 1267 gestichte Begijnhofdoor bescherming van de Nassaus ook na de reformatie voor uitsterven behoed - en het norbertinessenklooster St.-Catharinadal, dat vroeg in de 14de eeuw buiten de stadsomwalling werd gebouwd. Al in de 14de eeuw was er buiten de poorten een vrij dichte, deels omgrachte lintbebouwing ontstaan, langs de drie toegangswegen de Haagdijk in het westen, de Ginnekenstraat in het zuiden en de Boschstraat in het oosten. Graaf Hendrik III van Nassau bracht deze drie voorsteden binnen een vestinggordel naar Oud-Italiaans model. Deze kwam tot stand in 1531-'43, naar plannen van Maarten Cornelisz. en Jan van Galen.
Behalve voor de nieuwe stadspoorten werden ook rondom het kasteel bastions aangelegd. Zo ontstond een stadscentrum met drie uitlopers Boscheind, Ginnekeneind en Haagdijk. De tussenliggende, grotendeels agrarische gebieden kregen in de 18de eeuw een militaire bestemming.
In de 15de eeuw nam de welvaart van de stad toe door de lakenindustrie en de stapel- en overslagfunctie van de haven, maar ook door de aanwezigheid van de Nassaus en hun hof. De stad werd aan het eind van de middeleeuwen nog tweemaal door grote stadsbranden getroffen. In 1490 ging het noordwestelijke deel van de stad verloren. Dit stadsdeel heeft men spoedig en waarschijnlijk grotendeels in steen herbouwd. Het bleef dan ook grotendeels gespaard bij een tweede, veel omvangrijker brand in 1534, die volgens de bronnen tachtig procent van de huizen verwoestte, evenals het Stadhuis en mogelijk het Begijnhof. Vrij spoedig begon men met de herbouw.
De hofadel en de hoge ambtenaren waren in het midden van de 16de eeuw belangrijke opdrachtgevers wat gebouwen en andere kunstwerken aangaat. De in die periode bereikte ruimtelijke structuur zou tot 1850 onveranderd blijven.
Tijdens de Tachtigjarige Oorlog was Breda een belangrijke vesting. In 1577 namen Staatse troepen de stad in. Leon de Futere en Abraham Andriesz. gaven in de jaren 1579-'81 leiding aan het verbeteren en uitbreiden van de verdedigingswerken, maar de werkzaamheden waren nog niet voltooid toen de Spanjaarden in 1581 de stad weer innamen. De Nassause Domeinraad, gevolgd door de hoge ambtenaren en de hofadel, vertrok en keerde niet meer terug; ook niet toen met behulp van het bekende turfschip in 1590 de vesting weer in Staatse handen kwam. Breda profiteerde van de toenemende welvaart gedurende het Twaalfjarig Bestand (1609-'21), toen de handel tussen het Zuiden en het Noorden zich voor korte tijd herstelde. Deze kortstondige opleving herhaalde zich niet toen de Spanjaarden, na een bezetting van de stad in de jaren 1625-'37, weer waren vertrokken.
In het midden van de 17de eeuw was Breda een relatief kleine stad aan de periferie van de Republiek, slechts van belang als vesting. Door de Barrièretraktaten van 1697, 1709 en 1715, die de Republiek het recht gaven garnizoenen te leggen in vestingen langs de Franse noordgrens, nam de militaire betekenis van Breda in de 18de eeuw verder af. In 1701 werden nog wel de vestingwerken naar plannen van Menno van Coehoorn verbeterd en uitgebreid.
Vanaf omstreeks 1830, maar vooral vanaf 1853, toen Breda bisschopszetel werd, kreeg het stadsbeeld een sterk roomskatholiek karakter met talrijke neogotische kerkgebouwen, zoals de O.L. Vrouw ten Hemelopneming (Maria-Hemelvaart) aan de Ginnekenstraat, de St.-Barbarakathedraal aan de Prinsenkade, de St.-Theresiakerk aan de Tramsingel en de St.-Jozefkerk aan de Academiesingel. De stad kreeg tussen 1855 en 1872 spoorwegaansluitingen in de richtingen Antwerpen, Den Bosch en Dordrecht. Buiten de wallen verrees in 1864 een station. Bij de industrialisatie van Breda kregen de groenten- en vruchtenconserven-, de chocolade- en de metaalindustrie een belangrijke plaats.
Door de ontmanteling van de vesting in de jaren 1870-'77, naar plannen van F.W. van Gendt, kwamen nieuwe terreinen beschikbaar voor woningbouw en industrie. Ter hoogte van de stadsgracht en de bastions werd een nieuwe singel aangelegd.
Tussen het station en deze nieuwe singel kwam een wijk van voornamelijk herenhuizen langs brede lanen tot stand (Willemstraat, Mauritsstraat, Sophiastraat). Ook aan de zuidkant van de stad, langs het Van Coothplein, de Nieuwe Ginnekenstraat en de Wilhelminastraat, verrees monumentale bebouwing. Omdat Breda garnizoensplaats bleef, werden aan de singels grote terreinen voor kazernes gereserveerd. Bebouwing buiten de grenzen van de voormalige vesting vond vooral plaats nadat vanaf 1927 grote delen van de gemeenten Ginneken, Princenhage en Teteringen waren geannexeerd. Hier ontstonden grote nieuwe woonwijken. In 1942 kwamen ook de dorpskernen van Ginneken en Princenhage bij Breda.
Die kernen zijn tot op heden herkenbaar bewaard gebleven. Na de Tweede Wereldoorlog werden ze omsloten door grote nieuwbouwwijken.
De uitbreiding van Breda had als gevolg dat de oude stadskern steeds meer onder druk kwam te staan. Rigoureuze ingrepen in de structuur van het centrum vonden plaats, zoals de aanleg van de ‘cityring’ voor het toenemende autoverkeer, alsmede de demping van de haven in 1966. Verder zijn in de jaren zestig en zeventig van de 20ste eeuw de 19de-eeuwse kerken gesloopt. Na het verdwijnen van een belangrijk deel van de industrie uit het centrum werden de fabrieken gesloopt en de vrijkomende terreinen benut voor woningbouw en kantoren. Een zelfde ontwikkeling doet zich nu ook voor bij een deel van de kazerneterreinen.
