Scholen opgericht op initiatief van en vaak ook deels gefinancierd door islamitische organisaties. In Nederland zijn enkele tientallen aparte moslimscholen. Begin 2002 kwam een aantal daarvan in opspraak. Een onderzoek van het tv-programma Nova wees uit dat tien basisscholen rechtstreekse banden zouden onderhouden met Saoedi Arabië.
Een rapport van de Algemene Inlichtingen- en Veiligheidsdienst {AIVD) stelde in februari 2002 vast dat buitenlandse nationale of politiek religieuze organisaties - vaak van fundamentalistische snit - op een of andere manier invloed proberen uit te oefenen op het onderwijs. Eénvijfde van de basisscholen zou geld ontvangen van de radicaal-islamitische organisatie Al Waqf al Islami, of telt leden in het schoolbestuur die banden hebben met radicale moslimorganisaties.
Op de schalen zou lesmateriaal worden gebruikt dat aanzet tot haat en rancune tegen de westerse samenleving (zie ook: haatlessen en haat kalender). De Islamitische Scholen Besturen Organisatie (rsBo), een koepelorganisatie van moslimscholen, stelde dat het lesmateriaal verouderd is en nog stamt uit begin jaren tachtig, toen er een te kort bestond aan lesmateriaal. De scholen confirmeren zich volgens de rsBo nadrukkelijk aan de Nederlandse grondwet.
