Heksenvervolging is in Europa hoofdzakelijk terug te voeren op de strijd die de katholieke kerk in het westen heeft gevoerd tegen ketters en 'heidenen', waarmee in het algemeen mensen werden bedoeld die een religieuze overtuiging aanhingen die voorafging aan een van de monotheïstische Abrahamitische religies: jodendom, christendom en islam. In de 15e en 16e eeuw bereikte de heksenvervolging in Europa een hoogtepunt.
Tot omstreeks 1000 ontkende de kerk het bestaan van heksen en tovenaars en het was zelfs verboden om erin te geloven. Aan het einde van het eerste millennium veranderde de kerk echter haar visie, wat inhield dat heksen nu gestraft konden worden voor het bedrijven van magie en hekserij. Gevangenisstraffen 'op water en brood' van 1 tot 7 jaar werden nu uitgesproken.
Tijdens de oorlog die de kerk voerde tegen de katharen in Frankrijk en Italië richtte paus Paus Gregorius XI in 1226 kerkelijke rechtbanken op die bekend raakten als de inquisitie. Hun taak was om ketters op te sporen, ze trachten te bekeren en desnoods te straffen of te doden. In 1252 verleende paus Innocentius III de inquisiteurs nu ook het recht om de verdachten te folteren, waardoor duizenden tot bekentenissen overgingen.
Pas vanaf 1326 begon de inquisitie zich op het vervolgen van heksen te richten. Van heksen werd verondersteld dat ze een pact met de duivel (Satan) afsloten, met hem copuleerden, en dat ze zich schuldig maakten aan afschuwelijke wreedheden zoals het eten van kinderen. 1346 was een rampjaar voor Europa: de pest maakt miljoenen doden en de schuld voor deze catastrofe werd vooral gelegd bij heksen, melaatsen, joden en moslims.
Vanaf 1450 vinden grootschalige heksenvervolgingen plaats in Europa. In 1486 werd het boek Malleus Maleficarum (de Heksenhamer), geschreven door de Dominicaanse prior Heinrich Kramer, beter bekend onder de naam Institoris, uitgebracht. Ook de naam van de beroemde Dominicaanse pastoor Jakobus Sprenger prijkte op de kaft. Mogelijk heeft die weinig met het schrijven en de bepaling van de inhoud te maken gehad en werd zijn toentertijd bekende naam vooral gebruikt om interesse te wekken. Dit boek werd gehanteerd bij de jacht op, en het ondervragen en berechten van vermeende heksen en ketters.
Vanaf 1550 begint de periode waarin de meeste heksenvervolgingen, met foltering en executie (zoals verbranding), voorkwamen. In de hiernavolgende honderd jaar, tot ca. 1650, zouden tussen de vijftig- en honderdduizend als heks beschouwde personen ter dood veroordeeld worden. Hiervan waren tachtig percent vrouwen.
De laatste heksenexecutie vond plaats in Polen, in 1792. In de jaren voordien waren Frankrijk, Duitsland en Zwitserland - de landen waar het grootse aantal heksen werden gedood - daar al mee gestopt. Ook in Engeland zou vanaf de late 17e eeuw het vervolgen van heksen sterk afnemen omdat er nog weinigen in geloofden. Nog voor de Witchcraft Acts van 1736 werd het vanwege het veranderde intellectuele klimaat tijdens de Verlichting moeilijk om nog iemand door de rechtbank als heks te laten veroordelen. De Nederlandse predikant en theoloog Balthasar Bekker verzette zich in zijn ophefmakende boek 'De betoverde weereld' reeds in 1691 hevig tegen het veronderstelde bestaan van heksen, tovenaars en spoken. Ook het bestaan van Satansverering trok hij in twijfel en door zijn scepticisme ondermijnde hij de vooronderstellingen waarop heksenvervolging steunde.
De waanzin van de heksenvervolging bleef niet beperkt tot Europa. Berucht zijn de heksenprocessen van Salem: tussen februari 1692 en mei 1693 startten in koloniaal Massachusetts een reeks hoorzittingen voor de lokale magistraten waarbij mensen beschuldigd werden van hekserij, waarna executies plaatsvonden van onschuldige mensen.
Miljoenen mensen in Afrika, Azië en Oceanië geloven zelfs nu nog, in de 21e eeuw, dat er heksen, zowel mannelijke als vrouwelijke, bestaan en dat die gerechtelijk moeten worden vervolgd.
