Eén van de vijf evolutionaire hoofdlijnen van de Eukaryota; omvat amoeben en geflagelleerde eencellige protisten, waaronder verschillende parasitaire groepen maar ook de foto-autotrofe Euglena’s
De benaming Excavata heeft geen officiële taxonomische status maar je zou het een subdomein (van het domein Eukaryota) kunnen noemen. De andere subdomeinen zijn Unikonta, Rhizaria, Archaeplastida en Chromalveolata (zie de betreffende lemma’s).
Excavata slaat op de “excavate” (uitgeholde) groeve in de cel waarin voedseldeeltjes gevangen worden, via een waterstroom gegenereerd door de flagel. Behalve deze morfologische overeenkomst vindt de groep ook steun in de moleculaire fylogenie, hoewel sommige auteurs de status van de Excavata als aparte groep in twijfel trekken.
De meeste groepen van de Excavata zijn heterotroof, maar één groep, de Euglenida (“oogwieren"), is foto-autotroof (hebben een chloroplast). Vaak is verondersteld dat de Excavata al heel vroeg een chloroplast hebben verworven, die bij de parasitaire groepen en de amoeben verloren is gegaan, maar tegenwoordig gaat men ervan uit dat de Euglenida een eigen, late, chloroplast-endosymbiose hebben ondergaan.
Bij de Excavata komen verschillende groepen voor die hun mitochondria verloren hebben, o.a. bij de parasieten Giardia lamblia (fylum Diplomonadina), een geregelde darmparasiet van de mens en Trichomonas vaginalis (Parabasalida), een seksueel overdraagbare parasiet van de geslachtsorganen. De mitochondria van de laatste groep zijn gereduceerd tot hydrogenosomen: gespecialiseerde organellen die onder anaerobe condities energie genereren uit pyruvaat en daarbij waterstof produceren.
De Heterolobosea zijn vrijlevende amoeben die veel voorkomen in de bodem, met een geflagelleerd dispersiestadium.
De fyla Euglenida en Kinetoplastida zijn nauw verwant, maar in tegenstelling tot de foto-autotrofe Euglenida zijn de Kinetoplastida allemaal parasitair; ze hebben hun chloroplast verloren. Beruchte zoönotische parasieten zijn de Trypanosomatidae die o.a. slaapziekte, de ziekte van Chagas en leishmaniasis veroorzaken.
